Чтобы сортировка/фильтрация изотопов работала с lazyload, вам нужно сделать следующее.

jQuery(document).ready(function($) {
    var $win = $(window),
        $con = $('#container'),
        $imgs = $("img.lazy");

    $con.isotope();

    $con.on('layoutComplete', function(){
        $win.trigger("scroll");
    });

    $imgs.lazyload({
        failure_limit: Math.max($imgs.length - 1, 0)
    });
});

Объяснение

Согласно документам ( http://www.appelsiini.net/projects/lazyload )

После прокрутки страницы ленивая загрузка зацикливается на незагруженных изображениях. В цикле он проверяет, стало ли изображение видимым. По умолчанию цикл останавливается, когда найдено первое изображение ниже сгиба (невидимое). Это основано на следующем предположении. Порядок изображений на странице такой же, как порядок изображений в HTML-коде. С некоторыми предположениями о макетах это может быть неправильно.

В списке, отсортированном/отфильтрованном по изотопам, порядок страниц, безусловно, отличается от HTML, поэтому нам нужно настроить наш failure_limit.

Как видите, мы сохраняем объект jQuery, чтобы использовать его length-1 в качестве нашего failure_limit. Если вам интересно, почему это length-1, это из-за следующей проверки в методе обновления lazyload.

if (++counter > settings.failure_limit) {
    return false;
}

Ленивая загрузка других событий

Если вы не запускаете ленивую загрузку при прокрутке, вам нужно будет поменять триггер «прокрутки» на любое используемое вами событие.

Демо

http://jsfiddle.net/arthurc/ZnEhn/

Код для вашего сайта

Я сохранил некоторые объекты jQuery в переменных, так как их нужно использовать повторно.

jQuery(document).ready(function($) {
    var $window = $(window);
    var $images = $('#big_container .media_block img');
    var $big_container = $('#big_container');

    $images.each(function(index) {
        var item_height = $(this).attr("height");
        $(this).parent().parent().css("height",item_height);
    });


    $big_container.isotope({
        itemSelector : '.item',
        layoutMode : 'masonry',
        masonry: {
            columnWidth: 5,
        },
        sortBy : 'date',
        sortAscending : false,
        getSortData : {
            date : function ( $elem ) {
                return $elem.find('.date').text(); // Date format should be [Y-m-d H:i]
            },
            views : function( $elem ) {
                return parseInt( $elem.attr('data-views'), 10 );
              },
            //featured : function ( $elem ) {
            // return $elem.attr('data-featured');
            //  },
            rates : function( $elem ) {
                return parseInt( $elem.attr('data-rates'), 10 );
              },
            comments : function( $elem ) {
                return parseInt( $elem.attr('data-comments'), 10 );
              }
        }

    });


    $big_container.on('layoutComplete', function(){
        $win.trigger("scroll");
    });

    $('#sort-by li a').click(function(){
        var $this = $(this);
        if ($(this).parent().hasClass('selected') ) {
          return false;
        }
        var $optionSet = $this.parents();
        $optionSet.find('.selected').removeClass('selected');
           $this.addClass('selected');
          var sortName = $(this).attr('href').slice(1);
          $big_container.isotope({ sortBy : sortName });
          return false;
    });


    $images.lazyload({
        failure_limit : Math.max($images.length-1, 0);
    })
});