Проблема при выполнении сценария TCL из Bourne Shell (проблема с перенаправлением)

Я работаю с VMD (пакет визуализации молекулярной динамики), и я хочу открыть VMD из сценария Perl, запустить сценарий Tcl, распечатать вывод в файл журнала, затем закрыть VMD и вернуться к сценарию Perl. Обычный синтаксис для этого:

system("vmd -dispdev text -eofexit < program.tcl > LOG");

который, насколько я понимаю, распадается следующим образом:

  • system("");: выполняет команды Bourne Shell, заключенные в кавычки
  • vmd: вызывает VMD
  • -dispdev text: открывает VMD в текстовом режиме
  • -eofexit: завершает VMD при достижении EOF на STDIN
  • < prog.tcl: устанавливает prog.tcl как STDIN; vmd прекратит работу, когда завершится prog.tcl
  • > LOG: записывает STOUT в файл <LOG>

Теперь это будет работать отлично, за исключением того, что мой сценарий Tcl принимает аргументы. Я бы хотел сделать что-то вроде:

system("vmd -dispdev text -eofexit < program.tcl string1 string2 > LOG");

однако в этом случае оболочка пытается прочитать строку 1 и строку 2 как файлы. С моим ограниченным пониманием перенаправления я не уверен в точности, что происходит в первой строке, что именно идет не так во второй или в каком будет хорошее решение. Любая помощь будет оценена.


shell arguments redirect tcl
person daltonb    schedule 28.07.2009    source источник

Ответы (3)


arrow_upward
1
arrow_downward

Извините, не думаю, что вы можете передавать аргументы своему сценарию Tcl напрямую, когда он выполняется в другой программе, например vmd. Я бы предложил передать параметры через файл в качестве обходного пути. Например. В сценарии Perl перед вызовом vmd запишите параметры в файл в синтаксисе Tcl:

open PARAMS, '>myparams.tcl';
print PARAMS "set arg1 $string1; set arg2 $string2";
close PARAMS;

Затем в начале program.tcl вместо использования аргументов командной строки ($ argv) попросите его прочитать файл параметров, чтобы получить значения аргументов:

source myparams.tcl
person Colin Macleod    schedule 28.07.2009
comment
Отлично, я не знала source. У меня команда VMD выполняется внутри цикла, и я подумал, что мне придется каждый раз переписывать весь сценарий Tcl; это намного лучше. Жаль, что нет возможности напрямую передавать аргументы. - person daltonb; 28.07.2009

arrow_upward
0
arrow_downward

Вы отправляете vmd содержимое файла program.tcl, а не результат выполнения программы. Если я вас понял, вы хотите подключить программу Tcl к vmd с помощью пайпа:

system("program.tcl arg1 arg2 | vmd -... > output.file");

Изменить:

Итак, если vmd читает код Tcl на stdin, вы все равно можете передавать параметры без использования временного файла:

system("( echo 'set arg1 str1; set arg2 str2'; cat program.tcl; ) | vmd ... > output_file");

or

open my $fh, '<', 'program.tcl';
my @tcl = <$fh>;
close $fh;
unshift @tcl, "set arg1 str1\n", "set arg2 str2\n";
open $fh, '|-', 'vmd ... > output.file' or die 'msg...';
print $fh join('', @tcl);
close $fh or die 'msg...';
person glenn jackman    schedule 28.07.2009
comment
В этом случае оболочка попытается выполнить program.tcl как команду оболочки. Если бы я подключил ./program.tcl arg1 arg2 к VMD, он отправил бы только выходные данные. - person daltonb; 28.07.2009

arrow_upward
0
arrow_downward

Вы можете передать аргументы непосредственно в VMD, выполнив что-то вроде

system(vmd -dispdev text -e program.tcl -args string1 string2 > LOG);

Не забудьте добавить оператор quit в конец program.tcl.

person Leo    schedule 13.12.2010