ИМХО, сейчас я разрабатываю на Angular 2 без использования инструмента CLI, все сам; настройка gulp-скрипта, добавление зависимостей и т. д. Причина была в том, что в начале я также начал использовать эти вещи с CLI, и после того, как программа стала больше и больше, я понял, что не могу справиться с этим без надлежащего понимания деталей фреймворка. То же самое происходит, когда я изучил Nodejs, Expressjs. Я начал с генераторов, но в итоге пришел к выводу, что эти вещи не могут удовлетворить наши потребности, нужно разбираться в деталях.

К вашему сведению, теперь для Angular CLI, я также использовал этот инструмент для разработки (в первый раз я увидел, что это была альфа-версия, а теперь это бета-версия 16, которая использует Webpack, и это хорошо)