singlecellVR теперь на bioRxiv! Если вы хотите проверить это прямо сейчас, вот ссылка на интерактивный веб-сайт singlecellvr.com.
Проверьте это; есть куча наборов данных, уже отформатированных и размещенных на веб-сайте, с которыми вы можете поиграть, чтобы начать. Существует также видеоруководство, которое может помочь вам отформатировать ваши собственные данные и работать как tl;dr рукописи. Также есть видео-трейлер:
Достижения в области технологий, которые позволили исследователям проводить молекулярные измерения в отдельных клетках, резко возросли за последние десять лет. Вместе с этим последовали вычислительные методы анализа и осмысления таких данных. Основным среди методов измерения одиночных клеток является секвенирование РНК одиночных клеток (scRNA-seq). Эксперименты scRNA-seq, как правило, одновременно измеряют тысячи генов, что дает клетку по генной матрице. Затем используются методы размерного уменьшения для визуализации клеток в двух или трех измерениях — единственном многомерном пространстве, с которым люди могут работать.
Что особенного в singlecellvr.com?
В то время как виртуальная реальность (VR) изменила ландшафт индустрии развлечений, она также проникает в промышленную и академическую сферы. Когда мы начали этот проект, уже было два инструмента для визуализации данных отдельных ячеек в виртуальной реальности, поэтому во время разработки этой идеи мы тщательно продумали, какой продуктивный вклад мы могли бы внести в эту область. Уникальная ценность, которую предоставляет этот инструмент, проявляется в трех формах:
- Платформа, которая действует как общая база данных для данных отдельных ячеек в формате VR.
- Ввод и предварительная обработка данных упрощается благодаря прилагаемому пакету Python scvr.
- Новая возможность переноса на смартфон с помощью удобного QR-кода
Это база данных, в которую каждый может внести свой вклад
Одной из замечательных особенностей повсеместного распространения scRNA-seq является огромное количество доступных наборов данных. Если вы хотите, чтобы другие могли просматривать и анализировать ваши данные, вы можете добавить свои в базу данных, просто сделав запрос на включение соответствующих файлов — этот процесс подробно описан в дополнительных примечаниях.
Сделано для использования с любым смартфоном
singlecellvr.com был разработан для работы на любом массовом смартфоне. Неотъемлемая проблема разработки программного обеспечения виртуальной реальности для визуализации на смартфоне заключается в том, что подготовка данных обычно происходит на настольном компьютере или в кластерных вычислительных условиях — эти файлы и файлы обычно не хранятся на мобильном телефоне, и вычисления с использованием мобильного телефона не докажут практично в большинстве случаев. Чтобы преодолеть это препятствие, мы реализовали генерацию QR-кода, чтобы быстро и легко перенести визуализацию виртуальной реальности на любой смартфон с камерой. Это означает, что вы можете визуализировать свой набор данных в виртуальной реальности по дешевке — самое дешевое оборудование для покупки — это Google Cardboard, которое сейчас всего ~ 8 долларов США.
Как мы это сделали
Мы использовали движок Javascript VR, A-FRAME, который представляет собой действительно забавную библиотеку с множеством интерактивных учебных пособий, позволяющих программистам проектировать среду виртуальной реальности для любого устройства на рынке. Инструмент одноэтапного преобразования, scvr, был разработан на Python и может быть загружен с помощью pip install svr . Веб-сайт был создан с помощью Dash от plotly. Репозиторий Github для всех компонентов singlecellVR можно найти здесь.
