Я устанавливаю запонки на свой Mac OS X, и вот инструкция: http://cufflinks.cbcb.umd.edu/tutorial.html В разделе Установка инструментов SAM я следую приведенным ниже инструкциям. Загрузите инструменты SAM Распакуйте архив инструментов...

Недавно я установил samtools, скомпилировав его с помощью gcc с командой «make» в Linux. Все прошло гладко, за исключением 2-х предупреждений, которые появились: (1) bam_reheader.c:36:19: предупреждение: переменная «старая» установлена, но не...

Допустим, у меня была следующая команда, запущенная из оболочки { samtools view -HS header.sam; # command1 samtools view input.bam 1:1-50000000; # command2 } | samtools view -bS - > output.bam # command3 Для тех из вас, кто...

Я пытаюсь использовать pysam.view() для фильтрации определенных выравниваний из файла BAM. Проблема, с которой я сталкиваюсь, заключается в том, как включить в фильтр несколько регионов. pysam.view() эмулирует команду samtools view, которая...

Я работаю на HPC без root-доступа и не могу использовать команду sudo , но пытаюсь заставить работать samtools-1.10, но, к сожалению, получаю сообщение об ошибке: The 'samtools tview' command uses the curses text user interface library. Building...