С# очень медленный StreamReader

Помимо проблемы с записью в консоль, у вас также есть O(m*n) время выполнения, где n — количество строк в файле, а m — количество сообщений. Это плохо, если m или n большие. Вы можете сократить это до операции O(n), используя вместо этого Dictionary и исключая внутренний цикл.

Вы можете поместить свои сообщения в Dictionary, используя время в качестве ключа. В цикле вам нужно только запросить словарь для сообщений в определенное время:

        string fmtLine = "";
        string[] splitedFmtLine;
        int counterFMTlines = 0;

        var messageTimes = new Dictionary<string, LinkedList<L3Message>>();
        foreach (L3Message message in rez)
        {
            LinkedList<L3Message> list=null;
            messageTimes.TryGetValue(message.Time, out list);

            list = list ?? new LinkedList<L3Message>();

            list.AddLast(message);
            messageTimes[message.Time] = list;
        }

        foreach (string fmtF in fmtFiles)
        {
            using (StreamReader sr = new StreamReader(fmtF))
            {
                while ((fmtLine = sr.ReadLine()) != null)
                {
                    //Console.WriteLine(counterFMTlines++);
                    splitedFmtLine = fmtLine.Split('\t');

                    LinkedList<L3Message> messageList = null;
                    messageTimes.TryGetValue(splitedFmtLine[0], out messageList);

                    if(messageList != null)
                    {
                        foreach (var message in messageList)
                        {
                            message.ScramblingCode = splitedFmtLine[7];                                
                        }
                        messageTimes.Remove(splitedFmtLine[0]); //see comments
                    }

                    if(messageTimes.Count==0) break; //see comments
                }
            }
            if(messageTimes.Count==0) break; //see comments
        } 

Это должно быть супер быстро.

Редактировать. Я изменил пример, чтобы он поддерживал случаи, когда существует более одного сообщения за один раз.

Edit2: я добавил оптимизацию, основанную на том факте, что время сообщения и ScramblingCode всегда коррелируют (см. комментарии).

Вы пишете 280 000 раз в консоль, что очень медленно. Удалите вывод консоли. Кроме того, используйте string.Split('\t'), который намного быстрее, чем этот конкретный вызов регулярного выражения.