Не удается открыть соединение - HPC в R со снегом

Я пытаюсь запустить параллельную работу в R, используя снег. Мне удавалось без проблем выполнять очень похожие задачи на старых версиях R и Snow. Зависимости пакета R не позволяют мне вернуться.

Что происходит: мои задания завершаются на шаге parRapply, т. е. в первый раз, когда узлы должны сделать что-либо, кроме отчета Sys.info(). Сообщение об ошибке гласит:

Error in checkForRemoteErrors(val) : 
3 nodes produced errors; first error: cannot open the connection 
Calls: parRapply ... clusterApply -> staticClusterApply -> checkForRemoteErrors

Спецификации: R 2.14.0, Snow 0.3–8, клиент RedHat Enterprise Linux версии 5.6. Пакет Snow был построен на правильной версии R.

Подробности. Следующий код работает нормально:

cl <- makeCluster(3)
clusterEvalQ(cl,library(deSolve,lib="~/R/library"))
clusterCall(cl,function() Sys.info()[c("nodename","machine")])

Я конечный пользователь, а не системный администратор, но я отчаянно нуждаюсь в предложениях и понимании того, что может пойти не так.


r snow hpc
person Sarah    schedule 21.11.2011    source источник

Ответы (1)


arrow_upward
18
arrow_downward

Эта загадочная ошибка появилась из-за того, что входной файл, запрошенный во время выполнения программы, на самом деле не существовал. Каждый узел попытается загрузить этот файл, а затем потерпит неудачу, но это приведет только к сообщению «невозможно открыть соединение».

Это означает, что практически все может вызвать ошибку «соединения». Невероятно раздражает!

person Sarah    schedule 17.12.2011
comment
Какой входной файл? Ты что-то source делал? - person Roman Luštrik; 18.12.2011
comment
Все файлы R были получены правильно. Программа попытается загрузить отсутствующий CSV-файл (data <- read.table("dataTable.csv")) - person Sarah; 18.12.2011
comment
См. stackoverflow.com /questions/16895848/ за помощь в отладке этих проблем. - person mob; 17.10.2017