Может ли консоль R поддерживать фоновые задачи или прерывания (обработка событий)?

Работая в консоли R, я хотел бы настроить фоновую задачу, которая отслеживает конкретное соединение, и когда происходит событие, выполняется другая функция (предупреждение). В качестве альтернативы я могу настроить так, чтобы внешняя функция просто отправляла предупреждение в R, но это, похоже, та же проблема: необходимо настроить прослушиватель.

Я могу сделать это в специальном процессе R, но я не знаю, возможно ли это из консоли. Кроме того, я не заинтересован в прерывании R, если он вычисляет функцию, а в предупреждении или прерывании, если консоль просто ожидает ввода.

Вот три варианта использования:

  1. Самый простой пример — просмотр файла. Предположим, что у меня есть файл с именем «latestData.csv», и я хочу отслеживать его изменения; при его изменении выполняется myAlert(). (Можно расширить его, чтобы делать разные вещи, но полезно просто всплывать с примечанием о том, что файл изменился.)

  2. Монитор другого типа будет следить за тем, не хватает ли данной машине оперативной памяти, и может выполнить save.image() и завершить работу. Опять же, это может быть простая проблема просмотра файла, созданного внешним монитором, который сохраняет вывод top или какой-либо другой команды.

  3. Другой пример похож на другой недавний вопрос SO: есть R остановить машину EC2, на которой он работает. Если оповещение от другого компьютера или процесса говорит программе сохранить и завершить работу, то было бы здорово иметь возможность прослушивать это оповещение.

На данный момент я подозреваю, что есть два способа справиться с этим: через Rserve и, возможно, через fork. Если у кого-то есть примеры того, как это сделать с помощью пакета или другого метода, это было бы здорово. Я думаю, что решение любого из этих трех вариантов использования решит их все, по модулю небольшого количества внешнего кода.

Примечание 1: я понимаю, за этот ответ на другой вопрос SO что R является однопоточным, поэтому я подозреваю, что fork и Rserve могут работать. Однако я не уверен в возможности взаимодействия с R-терминалом. Хотя REPL R привязан к вводу из консоли, я пытаюсь либо обойти это, либо сымитировать, где ответом может быть fork или Rserve.

Примечание 2. Для тех, кто знаком с методами обработки/обработки событий, это тоже решит все проблемы. Я просто не нашел ничего об этом в R.

Обновление 1: я обнаружил, что руководство по написанию расширений R есть раздел, посвященный обработке событий, в котором упоминается использование R_PolledEvents. Это выглядит многообещающе.


r event-handling background-process interrupt
person Iterator    schedule 03.09.2011    source источник

Ответы (4)


arrow_upward
3
arrow_downward

Это зависит от того, хотите ли вы прервать бездействие или работу R. Если первое, вы можете подумать об обходе цикла REPL R по умолчанию с помощью некоторого прослушивателя событий, который будет ставить в очередь входящие события и оценивать их. Распространенным вариантом является использование цикла tcl/tk или gtk; Я сделал нечто подобное для libev в своем пакете triggr, который заставляет R переваривать запросы, поступающие из сокета.

Последний случай в большинстве случаев безнадежен, если только вы не заставите вычислительный код периодически выполнять if(evenOccured) processIt код.

Многопоточность не является реальным вариантом, потому что, как вы знаете, два интерпретатора в одном процессе сломают себя, используя одни и те же глобальные переменные, в то время как разветвленные процессы будут иметь независимое содержимое памяти.

person mbq    schedule 03.09.2011
comment
Не могли бы вы пояснить свой 2-й абзац? Я рад, что что-то периодически проверяет состояние. +1 за предложения по tcl/tk и gtk. Я обязательно посмотрю на triggr и посмотрю, смогу ли я адаптировать его или идеи. - person Iterator; 03.09.2011
comment
Я посмотрел на triggr, но полагаю, мне нужно будет посмотреть на методы tcl/tk или gtk, как вы предлагаете. - person Iterator; 07.09.2011

arrow_upward
9
arrow_downward

Еще один вариант — это пакет svSocket. Он неблокирующий.

Вот 8-минутное видео с его использованием, которое набрало более 3000 просмотров. В нем показано, как превратить сеанс R в сервер и как отправлять на него команды и получать данные обратно. Он демонстрирует это, даже когда сервер занят; например, скажем, вы запускаете длительный процесс и забыли сохранить промежуточные результаты, вы можете подключиться к серверу и получить результаты (до его завершения) с него.

person Matt Dowle    schedule 08.09.2011
comment
+1 Спасибо! Похоже, это как раз то, что я ищу. Интересно, использовал ли я его раньше, поскольку его поведение похоже на то, что я имел в виду. Я дам ему вихрь и посмотреть, если он работает. - person Iterator; 09.09.2011

arrow_upward
1
arrow_downward

Оказывается, пакет Rdsm тоже это поддерживает.

С помощью этого пакета можно установить отношения сервер/клиент между различными экземплярами R, каждый из которых является базовым терминалом R, и сервер может отправлять сообщения, включая функции, клиентам.

При преобразовании к описанному мной варианту использования серверный процесс может выполнять любой необходимый мониторинг, а затем отправлять сообщения клиентам. К сожалению, документация немного кратка, но функциональность кажется простой.

Если серверный процесс, скажем, регулярно отслеживает соединение (файл, канал, URL-адрес и т. д.) и сталкивается с триггером, он может отправить сообщение клиентам.

Хотя основной целью пакета является разделяемая память (именно так я наткнулся на нее), этот обмен сообщениями неплохо работает и для других целей.

Обновление 1: Конечно, для передачи сообщений нельзя игнорировать MPI и пакет Rmpi. Это может помочь, но пакет Rdsm запускается/работает с консолями R, а именно такой интерфейс я искал. Я еще не уверен, что поддерживает Rmpi.

person Iterator    schedule 07.09.2011

arrow_upward
0
arrow_downward

Несколько идей:

  1. Запустите R из сценария другого языка (это возможно, например, в Perl с помощью RSPerl) и используйте скрипт-обертка для запуска слушателя.

  2. Другим вариантом может быть запуск внешней (не R) команды (с использованием system()) из R, которая запустит прослушиватель в фоновом режиме.

  3. #P4# #P5#
    #P6#
    #P7#
person Itamar    schedule 03.09.2011