Отображение второстепенных логарифмических делений по оси x в R

В пакете Hmisc есть функция minor.tick, но она плохо работает с логарифмическими шкалами. Я использую следующую функцию для получения второстепенных тиков, которые следуют логарифмической шкале. ax — это ось, на которой вы его используете (такая же, как и для функции axis), n — это количество второстепенных тактов (по умолчанию 9), t.ratio — это соотношение между основными и второстепенными тактами, а с помощью ... вы можете передавать дополнительные параметры. до axis

редактировать: Хорошая идея в комментариях, поэтому я отредактировал свою функцию. Есть два дополнительных параметра: mn и mx для минимума и максимума в логарифмическом масштабе (mn=0, таким образом, означает, что минимум равен 10^0 или 1 !)

Функция:

minor.ticks.axis <- function(ax,n,t.ratio=0.5,mn,mx,...){

  lims <- par("usr")
  if(ax %in%c(1,3)) lims <- lims[1:2] else lims[3:4]

  major.ticks <- pretty(lims,n=5)
  if(missing(mn)) mn <- min(major.ticks)
  if(missing(mx)) mx <- max(major.ticks)

  major.ticks <- major.ticks[major.ticks >= mn & major.ticks <= mx]

  labels <- sapply(major.ticks,function(i)
            as.expression(bquote(10^ .(i)))
          )
  axis(ax,at=major.ticks,labels=labels,...)

  n <- n+2
  minors <- log10(pretty(10^major.ticks[1:2],n))-major.ticks[1]
  minors <- minors[-c(1,n)]

  minor.ticks = c(outer(minors,major.ticks,`+`))
  minor.ticks <- minor.ticks[minor.ticks > mn & minor.ticks < mx]


  axis(ax,at=minor.ticks,tcl=par("tcl")*t.ratio,labels=FALSE)
}

Это можно применить следующим образом:

x <- 10^(0:8)
y <- 1:9
plot(log10(x),y,xaxt="n",xlab="x",xlim=c(0,9))
minor.ticks.axis(1,9,mn=0,mx=8)

Дает:

Вот простая функция для этого:

log10.axis <- function(side, at, ...) {
    at.minor <- log10(outer(1:9, 10^(min(at):max(at))))
    lab <- sapply(at, function(i) as.expression(bquote(10^ .(i))))
    axis(side=side, at=at.minor, labels=NA, tcl=par("tcl")*0.5, ...)
    axis(side=side, at=at, labels=lab, ...)
}

Вот пример:

x <- exp(rnorm(200, 5))
hist(log(x), 20, xaxt="n", xlim=c(0, 8))
log10.axis(1, at=seq(0, 8, 2))

Дает:

Попробуйте magaxis в пакете magicaxis.

В ggplot2 мы можем использовать annotation_logticks вместе с scales::trans_breaks и scales::trans_format. Ниже приведен пример, взятый из ссылки выше.

    library(ggplot2)

    a <- ggplot(msleep, aes(bodywt, brainwt)) +
      geom_point(na.rm = TRUE) +
      scale_x_log10(
        breaks = scales::trans_breaks("log10", function(x) 10^x),
        labels = scales::trans_format("log10", scales::math_format(10^.x))
      ) +
      scale_y_log10(
        breaks = scales::trans_breaks("log10", function(x) 10^x),
        labels = scales::trans_format("log10", scales::math_format(10^.x))
      ) +
      theme_bw()

    a + annotation_logticks() # Default: log ticks on bottom and left

В пакете StratigrapheR есть функция minorAxis, которую можно использовать для любых мелких тиков. Его можно использовать с функцией seq_log для создания логарифмических тактов:

library(StratigrapheR)

x <- exp(rnorm(200, 5))
hist(log10(x), 20, xaxt="n", xlim=c(0, 4), xlab = "x", main = "Logarithmic Histogram of x")

ticks <- seq_log(10^0,10^4, divide = T)

lab <- sapply(0:4, function(i) as.expression(bquote(10^ .(i))))

minorAxis(1, at.maj = log10(ticks[[1]]), at.min = log10(ticks[[2]]), labels = lab)

Дает:

Используйте "" для меток второстепенных галочек.

Произошла небольшая ошибка,

lims<-lims[3:4] пропал

   minor.ticks.axis <- function(ax,n,t.ratio=0.5,mn,mx,...){

  lims <- par("usr")
  if(ax %in%c(1,3)) lims <- lims[1:2] else lims <- lims[3:4]

  major.ticks <- pretty(lims,n=5)
  if(missing(mn)) mn <- min(major.ticks)
  if(missing(mx)) mx <- max(major.ticks)

  major.ticks <- major.ticks[major.ticks >= mn & major.ticks <= mx]

  labels <- sapply(major.ticks,function(i)
            as.expression(bquote(10^ .(i)))
          )
  axis(ax,at=major.ticks,labels=labels,...)

  n <- n+2
  minors <- log10(pretty(10^major.ticks[1:2],n))-major.ticks[1]
  minors <- minors[-c(1,n)]

  minor.ticks = c(outer(minors,major.ticks,`+`))
  minor.ticks <- minor.ticks[minor.ticks > mn & minor.ticks < mx]


  axis(ax,at=minor.ticks,tcl=par("tcl")*t.ratio,labels=FALSE)
}

Метки оси X на первом графике на этой странице ошибочны. Незначительные тики не распределены должным образом.