Ошибка при установке пакета stringi на R 4 в Linux Ubuntu

Я пытаюсь установить пакет roxygen2 на R 4.0 .3 в Linux Ubuntu 16.04.7 LTS. Это не удается, потому что сначала необходимо установить пакет stringi; Я пытаюсь установить его с помощью обычной команды install.packages("stringi"), но снова не удается, и я не могу понять почему. Вот журнал:

install.packages (stringi) Установка пакета в '/home/dave/R/x86_64-conda-linux-gnu-library/4.0' (поскольку 'lib' не указана) --- Выберите зеркало CRAN для использования в этом сеансе --- пробуем URL 'https://ftp.eenet.ee/pub/cran/src/contrib/stringi_1.5.3.tar.gz' Тип содержимого 'application / x-gzip' длиной 7293930 байт (7,0 МБ) == ================================================ скачано 7.0 МБ

*** stringi сводка конфигурации: ICU_FOUND = 1 STRINGI_CXXSTD = CXX_STD = CXX11 STRINGI_CFLAGS = -fpic STRINGI_CPPFLAGS = -I. -I / usr / include / x86_64-linux-gnu -UDEBUG -DNDEBUG -DU_HAVE_ELF_H STRINGI_CXXFLAGS = -fpic STRINGI_LDFLAGS = -L / usr / lib / x86_64-linux-gnu /

STRINGI_

*** используемые настройки компилятора: CC = x86_64-conda-linux-gnu-cc LD = x86_64-conda-linux-gnu-c ++ -std = gnu ++ 11 CFLAGS = -march = nocona -mtune = haswell -ftree-vectorize -fPIC -fstack-protector-strong -fno-plt -O2 -ffunction-section -pipe -isystem / home / dave / miniconda3 / envs / r4-base / include -fdebug-prefix-map = / home / conda / feedstock_root / build_artifacts / r-base-split_1608831447945 / work = / usr / local / src / conda / r-base-4.0.3 -fdebug-prefix-map = / home / dave / miniconda3 / envs / r4-base = / usr / local / src / conda-prefix -fpic
CPPFLAGS = -DNDEBUG -D_FORTIFY_SOURCE = 2 -O2 -isystem / home / dave / miniconda3 / envs / r4-base / include -I / home / dave / miniconda3 / envs / r4 -base / include -Wl, -rpath-link, / home / dave / miniconda3 / envs / r4-base / lib -UDEBUG -DNDEBUG CXX = x86_64-conda-linux-gnu-c ++ -std = gnu ++ 11 CXXFLAGS = -fvisibility-inlines-hidden -fmessage-length = 0 -march = nocona -mtune = haswell -ftree-vectorize -fPIC -fstack-protector-strong -fno-plt -O2 -ffunction-section -pipe -isystem / home / dave / miniconda3 / envs / r4-base / include -fdebug-prefix-map = / ho me / conda / feedstock_root / build_artifacts / r-base-split_1608831447945 / work = / usr / local / src / conda / r-base-4.0.3 -fdebug-prefix-map = / home / dave / miniconda3 / envs / r4- base = / usr / local / src / conda-prefix -fpic
LDFLAGS =
LIBS =

Загруженные пакеты с исходным кодом находятся в «/ tmp / RtmpkLYZqu / loaded_packages». Предупреждение: в install.packages (stringi): установка пакета «stringi» имела ненулевой статус выхода.

Есть идеи или предложения о том, как решить эту проблему?

  • Вот шаги, которые я выполнил:

Спасибо

удаление ‘/home/dave/R/x86_64-conda-linux-gnu-library/4.0/stringi’

Я с радостью смог решить эту проблему самостоятельно, установив install.packages("stringi") через conda :-)


person DavideChicco.it    schedule 26.04.2021    source источник
comment
Похоже, это та же проблема. Комментарии могут быть полезны.   -  person neilfws    schedule 26.04.2021
comment
Это не помогло, все равно спасибо   -  person DavideChicco.it    schedule 26.04.2021
comment
установка исходного кода пакета 'stringi' ... ** пакет 'stringi' успешно распакован и суммы MD5 проверены ** с помощью поэтапной проверки установки для R_HOME ... / home / dave / miniconda3 / envs / r4- проверка base / lib / R на R ... / home / dave / miniconda3 / envs / r4-base / lib / R / bin / R проверка на порядок байтов ... небольшая проверка на R ›= 3.1.0 для C ++ 11 использование ... да проверка на R ‹3.4.0 для использования флага CXX1X ... без проверки на cat ... / bin / cat проверка на локальный ICUDT_DIR ... icu61 / проверка данных для x86_64-conda-linux-gnu -gcc ... x86_64-conda-linux-gnu-cc проверка работы компилятора C ... да проверка имени выходного файла компилятора C по умолчанию ... a.out проверка суффикса исполняемых файлов ... проверка того, что мы кросс-компиляция ... без проверки суффикса объектных файлов ... o проверка, используем ли мы компилятор GNU C ... да проверка, принимает ли x86_64-conda-linux-gnu-cc -g ... да проверка на x86_64 Параметр -conda-linux-gnu-cc для принятия ISO C89 ... не нужно проверять, как запускать препроцессор C r ... / home / dave / miniconda3 / envs / r4-base / bin / x86_64-conda-linux-gnu-cpp проверка на grep, который обрабатывает длинные строки, и -e ... / bin / grep для проверки egrep .. . / bin / grep -E проверка для файлов заголовков ANSI C ... да проверка на sys / types.h ... да проверка на sys / stat.h ... да проверка на stdlib.h ... да проверка на string.h ... да проверка на memory.h ... да проверка на strings.h ... да проверка на inttypes.h ... да проверка на stdint.h ... да проверка на unistd.h .. . да проверка удобства использования elf.h ... да проверка наличия elf.h ... да проверка наличия elf.h ... да проверка, используем ли мы компилятор GNU C ++ ... да проверка наличия x86_64-conda-linux- gnu-c ++ -std = gnu ++ 11 принимает -g ... да проверяет, поддерживает ли компилятор C ++ длинный длинный тип ... да проверяет, реализует ли компилятор пространства имен ... да проверяет, поддерживает ли компилятор стандартную библиотеку шаблонов. .. да проверка доступности std :: map ... да проверка наличия pkg-config ... / usr / bin / pkg-config проверка с pkg-config для системы ICU4C ... 55.1 проверка на ICU4C ›= 55 ... да проверка дополнительных необходимых CPPFLAGS, LDFLAGS и LIBS ... завершена проверка, можем ли мы создать проект на основе ICU4C ... да программная проверка наличия достаточного количества U_ICU_VERSION_MAJOR_NUM ... да проверка программно, если U_CHARSET_IS_UTF8 определен и установлен ... нет проверки на наличие доступной библиотеки данных ICU (ucnv, uloc, utrans) ... да проверка наличия доступной библиотеки данных ICU (ucol) ... да настроить: создать. /config.status config.status: создание src / Makevars config.status: создание src / uconfig_local.h config.status: создание src / install.libs.R   -  person neilfws    schedule 26.04.2021
comment
** библиотеки x86_64-conda-linux-gnu-c ++ -std = gnu ++ 11 -I / home / dave / miniconda3 / envs / r4-base / lib / R / include -DNDEBUG -I. -I / usr / include / x86_64-linux-gnu -UDEBUG -DNDEBUG -DU_HAVE_ELF_H -DNDEBUG -D_FORTIFY_SOURCE = 2 -O2 -isystem / home / dave / miniconda3 / envs / r4-base3 / envs / r4-base3 / include -I / home / minic dave / home / minic dave / home / miniconda / envs / r4-base / include -Wl, -rpath-link, / home / dave / miniconda3 / envs / r4-base / lib -fpic -fpic -fvisibility-inlines-hidden -fmessage-length = 0 -march = nocona -mtune = haswell -ftree-vectorize -fPIC -fstack-protector-strong -fno-plt -O2 -ffunction-section -pipe -isystem / home / dave / miniconda3 / envs / r4-base / include -fdebug-prefix-map = / home / conda / feedstock_root / build_artifacts / r-base-split_1608831447945 / work = / usr / local / src / conda / r-base-4.0.3 -fdebug-prefix-map = / home / dave / miniconda3 / envs / r4-base = / usr / local / src / conda-prefix -c stri_brkiter.cpp -o stri_brkiter.o В файле, включенном из / home / dave / miniconda3 / envs / r4-base / x86_64-conda-linux-gnu / sysroot /usr/include/math.h:71, из /home/dave/miniconda3/envs/r4-base/x86_64-conda-linux-gnu/include/c++/9.3.0/cmath:45, из / home / dave / miniconda3 / envs / r4-base / lib / R / include / Rh: 50, от s tri_external.h: 67, из stri_stringi.h: 36, из stri_brkiter.cpp: 32: /usr/include/x86_64-linux-gnu/bits/mathcalls.h:63:16: ошибка: ожидаемый конструктор, деструктор или тип преобразование перед маркером '(' 63 | __MATHCALL_VEC (cos ,, (Mdouble __x)); | ^ /usr/include/x86_64-linux-gnu/bits/mathcalls.h:65:16: ошибка: ожидаемый конструктор, деструктор или преобразование типа до '(' token 65 | __MATHCALL_VEC (sin ,, (Mdouble < / em> __x)); | ^ /usr/include/x86_64-linux-gnu/bits/mathcalls.h:81:22: ошибка: 'sincos' не был объявлен 81 | __MATHDECL_VEC (void, sincos ,, | ^ ~~~~~ /usr/include/x86_64-linux-gnu/bits/mathcalls.h:81:29: ошибка: ожидаемый идентификатор перед ',' токеном 81 | __MATHDECL_VEC (void, sincos ,, | ^ / usr / include /x86_64-linux-gnu/bits/mathcalls.h:82:3: ошибка: ожидаемый идентификатор перед '(' token 82 | (Mdouble __x, Mdouble * __ sinx, Mdouble * __ cosx)); | ^ /usr/include/x86_64-linux-gnu/bits/mathcalls.h:82:57: ошибка: ожидаемый конструктор, деструктор или преобразование типа перед ';' токен 82 | (Mdouble __x, Mdouble * __ sinx, Mdouble * __ cosx)); | ^ /usr/include/x86_64-linux-gnu/bits/mathcalls.h:100:16: ошибка: ожидаемый конструктор, деструктор или преобразование типа перед '(' token 100 | __MATHCALL_VEC (exp ,, (Mdouble __x)); | ^ /usr/include/x86_64-linux-gnu/bits/mathcalls.h:109:16: ошибка: ожидаемый конструктор, деструктор или преобразование типа до '(' token 109 | __MATHCALL_VEC (log ,, (Mdouble < / em> __x)); | ^ /usr/include/x86_64-linux-gnu/bits/mathcalls.h:153:16: ошибка: ожидаемый конструктор, деструктор или преобразование типа до '(' token 153 | __MATHCALL_VEC (pow ,, (Mdouble __x, Mdouble __y)); | ^ В файле, включенном из / home / dave / miniconda3 / envs / r4-base / x86_64-conda-linux- gnu / sysroot / usr / include / math.h: 94, из / home / dave / miniconda3 / envs / r4-base / x86_64-conda-linux-gnu / include / c ++ / 9. 3.0 / cmath: 45, из / home / dave / miniconda3 / envs / r4-base / lib / R / include / Rh: 50, из stri_external.h: 67, из stri_stringi.h: 36, из stri_brkiter.cpp: 32 : /usr/include/x86_64-linux-gnu/bits/mathcalls.h:63:16: ошибка: ожидаемый конструктор, деструктор или преобразование типа до '(' token 63 | __MATHCALL_VEC (cos ,, (Mdouble < / em> __x)); | ^ /usr/include/x86_64-linux-gnu/bits/mathcalls.h:65:16: ошибка: ожидаемый конструктор, деструктор или преобразование типа до '(' token 65 | __MATHCALL_VEC (sin ,, (Mdouble __x)); | ^ /usr/include/x86_64-linux-gnu/bits/mathcalls.h:81:22: ошибка: 'sincos' не был объявлен 81 | __MATHDECL_VEC (void, sincos ,, | ^ ~~~~~ /usr/include/x86_64-linux-gnu/bits/mathcalls.h:81:29: error: ожидаемый идентификатор перед токеном ',' 81 | __MATHDECL_VEC (void, sincos ,, | ^ /usr/include/x86_64-linux-gnu/bits/mathcalls.h:82:3: error: ожидаемый идентификатор перед '(' token 82 | ( Mdouble __x, Mdouble * __ sinx, Mdouble * __ cosx)); | ^ /usr/include/x86_64-linux-gnu/bits/mathcalls.h:82:57: ошибка: ожидаемый конструктор, деструктор или преобразование типа перед ';' жетон 82 | (Mdouble __x, Mdouble * __ sinx, Mdouble * __ cosx)); | ^ /usr/include/x86_64-linux-gnu/bits/mathcalls.h:100:16: ошибка: ожидаемый конструктор, деструктор или преобразование типа до '(' token 100 | __MATHCALL_VEC (exp ,, (Mdouble < / em> __x)); | ^ /usr/include/x86_64-linux-gnu/bits/mathcalls.h:109:16: ошибка: ожидаемый конструктор, деструктор или преобразование типа до '(' token 109 | __MATHCALL_VEC (log ,, (Mdouble __x)); | ^ /usr/include/x86_64-linux-gnu/bits/mathcalls.h:153:16: ошибка: ожидаемый конструктор, деструктор или преобразование типа перед ' ('token 153 | __MATHCALL_VEC (pow ,, (Mdouble __x, Mdouble __y)); | ^ В файле, включенном из / home / dave / miniconda3 / envs / r4- base / x86_64-conda-linux-gnu / sysroot / usr / include / math.h: 141, из /home/dave/miniconda3/envs/r4-base/x86_64-conda-linux-gnu/include/c++/9.3. 0 / cmath: 45, из / home / dave / miniconda3 / envs / r4-base / lib / R / include / Rh: 50, из stri_external.h: 67, из stri_stringi.h: 36, из stri_brkiter.cpp: 32 : / usr / include / x86_6 4-linux-gnu / bits / mathcalls.h: 63: 16: ошибка: ожидаемый конструктор, деструктор или преобразование типа перед '(' token 63 | __MATHCALL_VEC (cos ,, (Mdouble __x)); | ^ /usr/include/x86_64-linux-gnu/bits/mathcalls.h:65:16: ошибка: ожидаемый конструктор, деструктор или преобразование типа до '(' token 65 | __MATHCALL_VEC (sin ,, (Mdouble < / em> __x)); | ^ /usr/include/x86_64-linux-gnu/bits/mathcalls.h:81:22: ошибка: 'sincos' не был объявлен 81 | __MATHDECL_VEC (void, sincos ,, | ^ ~~~~~ /usr/include/x86_64-linux-gnu/bits/mathcalls.h:81:29: ошибка: ожидаемый идентификатор перед токеном ',' 81 | __MATHDECL_VEC (void, sincos ,, | ^ / usr / include /x86_64-linux-gnu/bits/mathcalls.h:82:3: ошибка: ожидаемый идентификатор перед '(' token 82 | (Mdouble __x, Mdouble * __ sinx, Mdouble * __ cosx)); | ^ /usr/include/x86_64-linux-gnu/bits/mathcalls.h:82:57: ошибка: ожидаемый конструктор, деструктор или преобразование типа перед ';' токен 82 | (Mdouble __x, Mdouble * __ sinx, Mdouble * __ cosx)); | ^ /usr/include/x86_64-linux-gnu/bits/mathcalls.h:100:16: ошибка: ожидаемый конструктор, деструктор или преобразование типа до '(' token 100 | __MATHCALL_VEC (exp ,, (Mdouble __x)); | ^ /usr/include/x86_64-linux-gnu/bits/mathcalls.h:109:16: ошибка: ожидаемый конструктор, деструктор или преобразование типа до '(' token 109 | __MATHCALL_VEC (log ,, (Mdouble < / em> __x)); | ^ /usr/include/x86_64-linux-gnu/bits/mathcalls.h:153:16: ошибка: ожидаемый конструктор, деструктор или преобразование типа до '(' token 153 | __MATHCALL_VEC (pow ,, (Mdouble __x, Mdouble __y)); | ^ В файле, включенном из / home / dave / miniconda3 / envs / r4-base / lib / R / include / Rh: 50, из stri_external.h: 67, из stri_stringi.h: 36, из stri_brkiter.cpp: 32: / home / dave / miniconda3 / envs / r4-base / x86_64-conda-linux-gnu / include / c ++ / 9. 3.0 / cmath: 180: 11: error: ':: cos' не был объявлен 180 | using :: cos; | ^ ~~ /home/dave/miniconda3/envs/r4-base/x86_64-conda-linux-gnu/include/c++/9.3.0/cmath:218:11: ошибка: ':: exp' не был объявлен 218 | using :: exp; | ^ ~~ /home/dave/miniconda3/envs/r4-base/x86_64-conda-linux-gnu/include/c++/9.3.0/cmath:334:11: ошибка: ':: log' не был объявлен 334 | using :: log; | ^ ~~ /home/dave/miniconda3/envs/r4-base/x86_64-conda-linux-gnu/include/c++/9.3.0/cmath:384:11: ошибка: ':: pow' не было объявлено 384 | using :: pow; | ^ ~~ /home/dave/miniconda3/envs/r4-base/x86_64-conda-linux-gnu/include/c++/9.3.0/cmath:421:11: ошибка: ':: sin' не был объявлен 421 | using :: sin; | ^ ~~ make: *** [/ home / dave / miniconda3 / envs / r4-base / lib / R / etc / Makeconf: 181: stri_brkiter.o] Ошибка 1 ОШИБКА: не удалось выполнить компиляцию пакета «stringi»   -  person DavideChicco.it    schedule 26.04.2021


Ответы (1)


Я обновил все пакеты conda: conda update --all

Я обновил conda: conda update -n base -c defaults conda

  1. Я установил stringi через conda: conda install -c r r-stringi

  2. И все прошло хорошо! Возможно, шаг (3) был достаточен сам по себе, но я все равно хотел перечислить все команды, которые использовал.

  3. Надеюсь, это решение может быть полезно и кому-то другому.

Есть ли что-то еще, кроме этого? Ошибка 1 означает, что make остановлен из-за того, что что-то не удалось, так что это не слишком полезно.

@neilfws Я только что добавил полный журнал, надеюсь, он может быть полезен. Спасибо

person DavideChicco.it    schedule 26.04.2021