Я делаю общий график R ggplot2 с помощью boxplot: boxplots дополняет отдельные образцы в виде точек, показанных geom_jitter (), чтобы показать отдельные позиции и числа образцов в каждой группе. Обычно я не замечаю проблем, но с некоторыми недавними данными я заметил существенную неточность и вариацию в позиции y джиттера. Однако блочная диаграмма остается стабильной по отношению к оси Y, как и geom_point (), когда она используется для отображения тех же точек, что и диаграмма джиттера. Ошибка, скорее всего, не заметна, когда у вас много точек данных, но если вам нужно что-то сделать с 5-10 образцами в группе, это может привести к очевидной ошибке, которая создает график, который может ввести вас в заблуждение, если вы не знали о проблеме. .
Сначала я подумал, что это могло происходить всегда, и я не заметил, поэтому я сделал несколько случайных чисел и сделал ggplot с помощью geom_jitter (), но сначала проблема исчезла. Даны некоторые примеры данных и графиков, чтобы показать нормальные и проблемные случаи.
Генерация данных и построение графиков, которые работали, как ожидалось:
df <- data.frame("X" = rep("X", 5), "Y" = rnorm(5, 100, 30))
проверить сюжет:
library(ggplot2)
ggplot(df, aes(X, Y)) + geom_boxplot() + geom_jitter(col = "red") + geom_point(col = "blue")
Красные и синие точки почти точно выровнены, и вы можете просто посмотреть, как график появится в предварительном просмотре RStudio, если вы повторите код 5 раз и не заметите изменения в позиции y точки дрожания (только по горизонтали вдоль оси X, как и ожидалось). ). В проблемном случае, как показано ниже, вы быстро увидите изменение точки оси Y, особенно потому, что оно иногда смещает диапазон оси Y.
При большем разбросе случайных чисел я обнаружил разницу между красной и синей точками, которая менялась каждый раз при построении одних и тех же данных:
df <- data.frame("X" = rep("X", 5), "Y" = rnorm(5, 100, 400))
Фактические цифры, по которым возникла эта проблема, были:
X Y
1 X 610.78026
2 X -38.58905
3 X -196.00943
4 X 94.37797
5 X 415.58417
В моем результате самая низкая точка, -196, иногда была около -170, иногда около -250. Диапазон оси Y смещается каждый раз. Это похоже на проблему, которая возникла у меня с реальными данными. Я обнаружил, что с другим тестированием данных, имеющих большую дисперсию или больший диапазон между точками, не объясняется изменчивость появления джиттера y-позиции. В некоторых случаях с большим разбросом geom_jitter () снова выдает почти идеальные y-позиции. Поэтому я подумал, может ли это иметь какое-то отношение к отображению проблем с определенными участками графика, используемыми ggplot2. Я подумал проверить это, заставив ggplot сохранить тот же ylimit с помощью ylim(-206, 621), но он не смог остановить область с вышеуказанным проблемным случаем. Это дает загадочную, но постоянную ошибку: Предупреждение: удалена 1 строка, содержащая пропущенные значения (geom_point). (На соответствующем графике он потерял красную точку дрожания для значения 610,7, несмотря на то, что в окне предварительного просмотра графика достаточно места в пикселях для еще примерно 10 точек между синей точкой и верхней частью графика. проиграл, потому что дно иногда выходит за нижний предел).
Обходным решением было бы создать случайные точки для группы X, сохраняя все те же Y и идентичность группы, но это неэффективно. Когда на X используются нечисловые группы, я обнаружил, что они будут иметь числовую позицию 1 для любых добавляемых меток. Добавление следующего к последнему фрейму данных дает правильный внешний вид + geom_point(aes(x= rnorm(5, 1, .2), y = Y), col = "yellow") - но это станет довольно громоздким, если есть много групп, если нет какого-либо способа автоматически получить правильное положение X для групп коробчатых диаграмм.
Чтобы решить эту проблему, любое указание на ее причину было бы большим подспорьем.
