readxl :: read_xls возвращает ошибку libxls: невозможно открыть файл

Я загрузил ваш набор данных и прочитал каждый лист Excel таким образом (например, для листов «Общие» и «Площадь»):

install.packages("readxl")
library(readxl)
library(data.table)

dt_overall <- as.data.table(read_excel("test_file.xls", sheet = "Overall"))
area_sheet <- as.data.table(read_excel("test_file.xls", sheet = "Area"))

Наконец, я получаю такое dt (например, только часть набора данных для листа «Площадь»):

Точно так же вы можете использовать функцию read_xls вместо read_excel.

Проверил, тоже работает корректно и даже немного быстрее, так как read_excel - это оболочка над функциями read_xls и read_xlsx из пакета readxl.

Кроме того, вы можете использовать функцию excel_sheets из пакета readxl для чтения всех листов вашего файла Excel.

ОБНОВЛЕНИЕ

Тестирование выполняется с помощью пакета microbenchmark для следующих пакетов / функций: gdata::read.xls, XLConnect::readWorksheetFromFile и readxl::read_excel.

Но XLConnect это решение на основе Java, поэтому для него требуется много оперативной памяти.

Я предложу другой рабочий процесс. Если у вас установлен LibreOffice, вы можете программно преобразовать файлы Excel в CSV. У меня Linux, поэтому я делаю это в bash, но уверен, что это возможно и в macOS.

Итак, откройте терминал, перейдите в папку с вашими файлами Excel и запустите в терминале:

for i in *.xls
    do soffice --headless --convert-to csv "$i" 
done

Теперь в R вы можете использовать data.table::fread для чтения файлов в цикле:

Сценарий 1: структура файлов другая

Если структура файлов отличается, вам не нужно rbind их вместе. Вы можете запустить в R:

files <- dir("path/to/files", pattern = ".csv")
all_files <- list()
for (i in 1:length(files)){
  fileName <- gsub("(^.*/)(.*)(.csv$)", "\\2", files[i])
  all_files[[fileName]] <- fread(files[i])
}

Если вы хотите извлечь именованные элементы из списка в глобальную среду, чтобы их можно было преобразовать в объекты, вы можете использовать list2env:

list2env(all_files, envir = .GlobalEnv)

Обратите внимание на две вещи: во-первых, в вызове gsub направление косой черты. Во-вторых, list2env может перезаписывать объекты в вашей глобальной среде, если они имеют то же имя, что и названные элементы в списке.

Сценарий 2: структура файлов такая же

В таком случае, вероятно, вы захотите rbind их всех вместе. Вы можете запустить в R:

files <- dir("path/to/files", pattern = ".csv")
joined <- list()
for (i in 1:length(files)){
  joined <- rbindlist(joined, fread(files[i]), fill = TRUE)
}

Я обнаружил, что не могу открыть файл с помощью read_xl сразу после его загрузки, но если я открою файл в Excel, сохраню его и снова закрою, тогда read_xl смог бы открыть его без проблем.

Я предлагаю обходной путь для обработки сотен файлов - создать небольшую утилиту командной строки C #, которая открывает, сохраняет и закрывает файл Excel. Исходный код приведен ниже, утилиту можно скомпилировать с помощью Visual Studio Community Edition.

using System.IO;
using Excel = Microsoft.Office.Interop.Excel;

namespace resaver
{
  class Program
  {
    static void Main(string[] args)
    {
      string srcFile = Path.GetFullPath(args[0]);
      Excel.Application excelApplication = new Excel.Application();
      excelApplication.Application.DisplayAlerts = false;
      Excel.Workbook srcworkBook = excelApplication.Workbooks.Open(srcFile);
      srcworkBook.Save();
      srcworkBook.Close();
      excelApplication.Quit();
    }
  }
}

После компиляции утилита может быть вызвана из R, например, system2().

В моей системе мне пришлось использовать path.expand.

R> file = "~/blah.xls"
R> read_xls(file)

Error: 
  filepath: ~/Dropbox/signal/aud/rba/balsheet/data/a03.xls
  libxls error: Unable to open file

R> read_xls(path.expand(file)) # fixed

Сохраните файл повторно, и вы легко решите свою проблему.

Я тоже сталкивался с этой проблемой раньше, но я получил ответ из вашего обсуждения.

Я использовал read_excel(), чтобы открыть эти файлы.

Я видел аналогичную ошибку и хотел поделиться краткосрочным решением.

library(readxl)
download.file("https://mjwebster.github.io/DataJ/spreadsheets/MLBpayrolls.xls", "MLBPayrolls.xls")
MLBpayrolls <- read_excel("MLBpayrolls.xls", sheet = "MLB Payrolls", na = "n/a")

Урожайность (на некоторых системах в моем классе, но не на других):

Ошибка: путь к файлу: MLBPayrolls.xls ошибка libxls: невозможно открыть файл

Временным решением было вставить URL-адрес файла xls в Firefox и загрузить его через браузер. Как только это будет сделано, мы сможем запустить строку read_excel без ошибок.

Это происходило сегодня в Windows 10 с R 3.6.2 и R Studio 1.2.5033.

Если вы загрузили данные .xls из Интернета, даже если вы открываете их в Ms.Excel, сначала откроется окно с просьбой подтвердить, доверяете ли вы источнику, см. Снимок экрана ниже, я предполагаю, что это причина R (read_xls) тоже не может его открыть, так как это считается небезопасным. Сохраните его как файл .xlsx, а затем используйте read_xlsx() или read_excel().