Как получить R^2 для надежной модели смешанного эффекта (команда rlmer; robustlmm)?

Я оценил надежную модель смешанного эффекта с помощью команды rlmer из пакета robustlmm. Есть ли способ получить предельные и условные значения R^2?


r mixed-models robust
person Juju    schedule 14.10.2019    source источник

Ответы (1)


arrow_upward
3
arrow_downward

Просто сам отвечу на это. Я не смог найти пакет или, скорее, функцию в R, которая эквивалентна, например. r.squaredGLMM в случае lmerMod объектов, но я нашел быстрый обходной путь, который работает с rlmerMod объектами. По сути, вам просто нужно извлечь компоненты дисперсии для фиксированных эффектов, случайных эффектов и остатков, а затем вручную рассчитать предельное и условное R^2 на основе формулы, предоставленной Nakagawa & Schielzeth (2013).

library(robustlmm)
library(insight)
library(lme4)
data(Dyestuff, package = "lme4")
robust.model <- rlmer(Yield ~ 1|Batch, data=Dyestuff)
var.fix <- get_variance_fixed(robust.model)
var.ran <- get_variance_random(robust.model)
var.res <- get_variance_residual(robust.model)
R2m = var.fix/(var.fix+var.ran+var.res)
R2c = (var.fix+var.ran)/(var.fix+var.ran+var.res)

Литература:
Накагава, С. и Шильцет, Х. (2013), Общий и простой метод получения R2 из обобщенных линейных моделей смешанных эффектов. Методы Ecol Evol, 4: 133-142. doi:10.1111/j.2041-210x.2012.00261.x

person Juju    schedule 15.10.2019