Невозможно отправить зависимости Python в Spark на EMR через Livy

Я поискал и просмотрел множество статей в Интернете и, наконец, нашел возможное решение в:

Кажется, я не могу получить --py -файлы на Spark для работы

Я последовал за ответом, получившим наибольшее количество голосов в этой ссылке, но он не работает для меня. Этой теме уже 3 года, и я думаю, мне следует задать новый вопрос.

Вот что я сделал в этом ответе:

  1. Построить мои зависимости Python в .zip:
pip install -t dependencies -r requirements.txt
cd dependencies
zip -r ../dependencies.zip .

А затем загрузите его с другими файлами Python в мое ведро s3.

  1. В my_job.py добавьте следующую строку, чтобы добавить мой python dependencies.zip в PYTHONPATH:
sc.addPyFile("dependencies.zip")

Обратите внимание, что эта строка добавлена ​​в самом начале моего кода на Python.

  1. Отправить мою работу Spark. Ну, в ссылке он использовал spark-submit, в моем случае я использую curl через Apache Livy после ssh для моего мастера AWS EMR:
curl -X POST --data '{"file": "s3://my-bucket/src/my_job.py", "pyFiles": ["s3://my-bucket/src/global_settings.py", "s3://my-bucket/src/sys_init.py", "s3://my-bucket/src/dependencies.zip"]}' -H "Content-Type: application/json" http://ec2-1-23-456-789.compute-1.amazonaws.com:8998/batches

Теперь из журнала Ливи я получил исключение Java:

java.io.FileNotFoundException: File file:/dependencies.zip does not exist

Полная трассировка ошибки выглядит так:

Traceback (most recent call last):
  File "/mnt/tmp/spark-bfbaa559-69b8-48cb-9287-c30f73ab6d4a/my_job.py", line 1, in <module>
    from global_settings import *
  File "/mnt/tmp/spark-bfbaa559-69b8-48cb-9287-c30f73ab6d4a/global_settings.py", line 28, in <module>
    sc.addFile('dependencies.zip')
  File "/usr/lib/spark/python/lib/pyspark.zip/pyspark/context.py", line 898, in addFile
  File "/usr/lib/spark/python/lib/py4j-0.10.7-src.zip/py4j/java_gateway.py", line 1257, in __call__
  File "/usr/lib/spark/python/lib/py4j-0.10.7-src.zip/py4j/protocol.py", line 328, in get_return_value
py4j.protocol.Py4JJavaError: An error occurred while calling o53.addFile.
: java.io.FileNotFoundException: File file:/dependencies.zip does not exist
    at org.apache.hadoop.fs.RawLocalFileSystem.deprecatedGetFileStatus(RawLocalFileSystem.java:640)
    at org.apache.hadoop.fs.RawLocalFileSystem.getFileLinkStatusInternal(RawLocalFileSystem.java:866)
    at org.apache.hadoop.fs.RawLocalFileSystem.getFileStatus(RawLocalFileSystem.java:630)
    at org.apache.hadoop.fs.FilterFileSystem.getFileStatus(FilterFileSystem.java:452)
    at org.apache.spark.SparkContext.addFile(SparkContext.scala:1544)
    at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method)
    at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(NativeMethodAccessorImpl.java:62)
    at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(DelegatingMethodAccessorImpl.java:43)
    at java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:498)
    at py4j.reflection.MethodInvoker.invoke(MethodInvoker.java:244)
    at py4j.reflection.ReflectionEngine.invoke(ReflectionEngine.java:357)
    at py4j.Gateway.invoke(Gateway.java:282)
    at py4j.commands.AbstractCommand.invokeMethod(AbstractCommand.java:132)
    at py4j.commands.CallCommand.execute(CallCommand.java:79)
    at py4j.GatewayConnection.run(GatewayConnection.java:238)
    at java.lang.Thread.run(Thread.java:748)

Совершенно не понимаю, почему Spark не может найти dependencies.zip, в то время как он может узнать два других файла python global_settings.py и sys_init.py.

Также обратите внимание, что dependencies.zip составляет 48 МБ. Имеет ли значение размер файла? Я не думаю, что для AWS EMR проблема чтения 48-мегабайтного файла с AWS S3. Они находятся в одном регионе и в одном VPC.

И мой файл requirements.txt:

pandas
sqlalchemy
boto3

Пожалуйста помоги. Спасибо.


person Z.Wei    schedule 19.05.2019    source источник


Ответы (1)


Файлы, zip-архивы, яйца, упомянутые как часть pyFiles в вызове curl, будут устанавливать конфигурацию искры spark.submit.pyFiles. Spark позаботится о загрузке файлов и добавлении файлов / zip-архивов в PYTHONPATH.
Используйте, не нужно добавлять файл, добавьте файлы снова, используя _4 _. (Приведенный выше код пытается найти зависимости имени файла по умолчанию FS, который в вашем случае является file: //, и Spark не может его найти).
Мы можем удалить вызов addPyFile и попытаться импортировать класс в указанный zip-файл, чтобы подтвердить, является ли его часть PYTHONPATH.

person DaRkMaN    schedule 19.05.2019
comment
Спасибо, теперь Spark может найти мой модуль pandas в dependencies.zip. Но тогда панды не могут найти свою собственную зависимость numpy. Ошибка: `` File \ /mnt/tmp/spark-a6cd7c80-abc6-46e0-8c7a-88e5ab8a63c6/userFiles-23e6ce24-f6c4-4e89-b857-799eacf4c208/dependencies.zip/pandas. 19, в ‹module›, ImportError: Отсутствуют необходимые зависимости ['numpy'] «Я пробовал явно импортировать numpy, но это не помогает. Есть ли способ исправить это, или это ограничение PySpark для поиска иерархических зависимостей? Или я должен открыть новый билет? - person Z.Wei; 21.05.2019
comment
Я не думаю, что PySpark может автоматически получать транзитивные зависимости, как для Maven. Мы можем 1. упаковать numpy (и любые другие зависимости как часть zip) 2. Установить numpy на всех узлах с помощью pip - person DaRkMaN; 21.05.2019
comment
Спасибо. Я пробовал пакет numpy в dependencies.zip рядом с pandas, но он все еще не работает. - person Z.Wei; 21.05.2019