Перезагрузить SharedPreferences при возобновлении работы? (или как обновить/перезагрузить активность)

Нет никакой разницы в том, как вы получаете и устанавливаете SharedPreferences в обычном режиме, и в onResume. Что вам нужно будет сделать в дополнение к получению самых последних настроек, так это обновить любые объекты, которые у вас есть в Activity, которые используют значения настроек. Это гарантирует, что ваш Activity работает с самыми последними значениями.

Простой пример:

protected void onResume() {
    super.onResume();
        getPrefs();

    //...Now update your objects with preference values         
}

private void getPrefs() {
    SharedPreferences prefs = PreferenceManager.getDefaultSharedPreferences(this);
    String myPref = prefs.getString("myPref", "");
}