Задача фонового таймера в веб-приложении JSP/Servlet

Для начала я бы не стал использовать для этого JSP. Там это не для.

При работе с Java EE 5 используйте для этого предоставленные контейнером API планирования заданий. Дальнейшие подробности зависят от контейнера, который вы используете. Например, JBoss AS 5 поставляется с Quartz из коробки. Или когда вы используете фреймворк поверх JSP/Servlet, который предлагает API планирования заданий, например Spring, то вы должны использовать его.

Если их нет (например, вы используете только Tomcat 6) или вы хотите быть независимым от контейнера и/или фреймворка, создайте ServletContextListener с ScheduledExecutorService. Более подробную информацию можно найти в этом ответе.

Или, если вы уже используете контейнер Java EE 6, который поддерживает EJB 3.1 (JBoss AS 6, GlassFish 3, но, следовательно, не Tomcat 7), проще всего создать @Singleton EJB с @Schedule.

@Singleton
public class UpdateSubscriptions {

    @Schedule(hour="*/6", minute="0", second="0", persistent=false)
    public void run() {
        // Do your job here.
    }

}        

Вот и все. Дальнейшая настройка не требуется.

Обновление: судя по комментариям, вы используете Tomcat (6 или 7?). Чтобы запустить поток во время запуска веб-приложения, который запускает задачу каждые 6 часов, используйте пример, приведенный в ответ перед ссылкой и внесите следующие изменения в scheduleAtFixedRate()

scheduler.scheduleAtFixedRate(new UpdateSubscriptions(), 0, 6, TimeUnit.HOURS);

Класс UpdateSubscriptions должен реализовать Runnable и фактическая работа должна быть выполнена в run() метод, который вы @Override< /a>, как в примере в связанном ответе.