Как изменить углы в Pymol?

я использую это

set_dihedral atom1_name, atom2_name, atom3_name, atom4_name, angle

Например

set_dihedral 22/C, 23/C, 26/C, 27/C, 130

Итак, я хочу изменить двугранные связи этих атомов

введите здесь описание изображения

Но когда я написал:

set_dihedral 23/CA, 23/C, 24/N, 24/CH3, 130

я имел

SetDihedral-Error: Selection 1 doesn't contain a single atom/vertex.
SetDihedral-Error: Selection 2 doesn't contain a single atom/vertex.
SetDihedral-Error: Selection 3 doesn't contain a single atom/vertex.
SetDihedral-Error: Selection 4 doesn't contain a single atom/vertex.

введите здесь описание изображения


linux 3d-modelling bioinformatics pymol
person Mark    schedule 04.10.2018    source источник

Ответы (1)


arrow_upward
0
arrow_downward

Вы уверены, что ваш 3D-файл не содержит более одной структуры с одинаковыми именами выбранных вами атомов? Вы можете опубликовать свой файл .cif здесь. Или, возможно, вам нужно использовать другой синтаксис выбора (например, "имя" C23 и т. д. см. ниже).

Например, если я использую структуру стеариновой кислоты, это работает безупречно:

set_dihedral name c1,name c2,name c3,name c4, 130

введите двугранный угол в PyMOL, выбрав четыре атома

person bunher    schedule 07.10.2018
comment
Большое спасибо. Возможно, я использую старую команду из, возможно, старой версии gromacs, потому что этот set_dihedral 23/CA, 23/C, 24/N, 24/CH3, 130 - не работает, и это set_dihedral name C22,name C23,name C26,name C27, 130 работают идеально. Большое спасибо еще раз. - person Mark; 08.10.2018
comment
Добро пожаловать. У меня есть эта страница в закладках, потому что я всегда забываю о правильном синтаксисе выбора :-) - person bunher; 08.10.2018