Использование Python для создания случайного генома человека

Если я правильно понимаю, создать случайный геном человека было бы довольно просто. Следующее будет создавать случайный геном из 10 оснований (просто для примера):

import numpy as np

random_genome = np.random.choice(list('ACTG'), 10)

>>> random_genome
array(['C', 'A', 'C', 'C', 'G', 'C', 'A', 'C', 'C', 'C'],
      dtype='<U1')

Вы можете обернуть это в простую функцию, например:

def create_genome(n=1000000):
    return np.random.choice(list('ACTG'), n)

Так что вы можете определить, как долго вы хотите, чтобы ваш геном использовал аргумент n.

Поскольку вы хотите упростить свой код, я рассчитал, что вышеуказанная функция займет примерно 1,2 секунды, чтобы создать 100 случайных геномов по 1 000 000 букв каждый.

РЕДАКТИРОВАТЬ: если вашей целью является запись в файл .txt, а не работа со случайными геномами в python, может быть лучше сначала соединить ваш геном с одной строкой:

def create_genome(n=1000000):
    return ''.join(np.random.choice(list('ACTG'), n))

Таким образом, вы можете легко и быстро записать его в файл:

with open('filename.txt', 'w') as f:
    f.write(random_genome)

Создание случайного генома таким образом займет больше времени, но если ваша цель — получить .txt, лучше сохранить его как np.array.