Biopython и получение полного названия журнала

Я использую Biopython с Python 3.x для поиска в базе данных PubMed. Я правильно получаю результаты поиска, но затем мне нужно будет извлечь все названия журналов (полные названия, а не только сокращения) из результатов поиска. В настоящее время я использую следующий код:

from Bio import Entrez
from Bio import Medline

Entrez.email = "[email protected]"
handle = Entrez.esearch(db="pubmed", term="search_term", retmax=20)
record = Entrez.read(handle)
handle.close()

idlist = record["IdList"]

records = list(records)

for record in records:
    print("source:", record.get("SO", "?"))

Так что это работает нормально, но record.get("SO"), "?") возвращает только аббревиатуру журнала (например, N Engl J Med, а не New England Journal of Медицина). Исходя из моего опыта ручного поиска в PubMed, вы можете искать, используя как аббревиатуру, так и полное имя, и PubMed будет обрабатывать их таким же образом, поэтому я подумал, есть ли еще какой-то параметр для получения полного имени?


python-3.x biopython pubmed
person user2891883    schedule 04.10.2017    source источник

Ответы (1)


arrow_upward
2
arrow_downward

Так что это работает нормально, но record.get("SO"), "?") возвращает только аббревиатуру журнала

Нет, это не так. Он даже не запустится из-за этой строки:

records = list(records)

поскольку records не определено. И даже если вы это исправите, все, что вы получите обратно:

idlist = record["IdList"]

представляет собой список чисел, таких как: ['17510654', '2246389'], которые предназначены для передачи обратно через вызов Entrez.efetch() для получения фактических данных. Поэтому, когда вы выполняете record.get("SO", "?") в одной из этих числовых строк, ваш код взрывается (снова).

Во-первых, аббревиатура поля "SO" определена так, чтобы возвращать аббревиатуру названия журнала (TA) как часть того, что она возвращает. Скорее всего, вам понадобится "JT" Заголовок журнала, как указано в элементе данных MEDLINE/PubMed (поле) Описания. Но ни один из них не имеет ничего общего с этим поиском.

Вот переработка вашего кода, чтобы получить название статьи и название журнала, в котором она находится:

from Bio import Entrez

Entrez.email = "[email protected]"  # change this to be your email address
handle = Entrez.esearch(db="pubmed", term="cancer AND wombats", retmax=20)
record = Entrez.read(handle)
handle.close()

for identifier in record['IdList']:
    pubmed_entry = Entrez.efetch(db="pubmed", id=identifier, retmode="xml")
    result = Entrez.read(pubmed_entry)
    article = result['PubmedArticle'][0]['MedlineCitation']['Article']

    print('"{}" in "{}"'.format(article['ArticleTitle'], article['Journal']['Title']))

ВЫВОД

> python3 test.py
"Of wombats and whales: telomere tales in Madrid. Conference on telomeres and telomerase." in "EMBO reports"
"Spontaneous proliferations in Australian marsupials--a survey and review. 1. Macropods, koalas, wombats, possums and gliders." in "Journal of comparative pathology"
>

Подробности можно найти в документе: Описания XML-элементов MEDLINE PubMed

person cdlane    schedule 05.10.2017