Как собрать glibc с уменьшенным размером?

Сборка glibc из исходников может быть плохой идеей. См. это и некоторые комментарии там. Его текущая версия - GNU libc 2.26 ... Рассмотрим вместо этого обновление всего вашего дистрибутива Ubuntu (Ubuntu 17.10 должен быть выпущен через несколько недель, в конце октября 2017 года)

../configure --prefix= каталог сборки

является неправильным пониманием роли --prefix в программном обеспечении, созданном с помощью autoconf. Это относится к месту установки программного обеспечения, а не к его каталогу сборки.

(и я точно не знаю, каким должен быть ваш --prefix, поскольку libc настолько важен для вашей системы, возможно, он должен быть --prefix=/, но вы должны внимательно проверить)

Есть ли способ уменьшить размер встроенного libc.so?

Вы можете (очень осторожно) использовать strip (1), но вы рискуете сломать вашу систему.

И вы можете не заботиться об уменьшении размера libc, поскольку он используется (и совместно используется) почти каждым программным обеспечением в вашей системе Linux!

Кстати, рассмотрите также musl-libc. Он может прекрасно сосуществовать с GNU glibc и на практике используется только программами, построенными с musl-gcc (предоставленными им).

Если вы проводите какое-то исследование, было бы разумно поработать в chroot (2) -ed среда. См. Также schroot. Вы можете установить с помощью make install DESTDIR=/tmp/instmylibc, а затем скопировать это /tmp/instmylibc соответствующим образом. Прочтите подробнее о autoconf

PS. Обязательно сделайте резервную копию ваших важных данных перед такими опасными экспериментами. Я не думаю, что размер вашего libc.so должен вызывать серьезную озабоченность. Но вам нужно использовать chroot, возможно, с помощью debootstrap во время установки среды chrooted.