Настройка контрастов для части факторов в model.matrix

У меня есть экспериментальный план, к которому я хотел бы применить модель линейной регрессии.

Вот дизайн data.frame:

design.df <- data.frame(batch=rep(c(1:3,1:3),4),
                      species=rep(c(rep("mouse",3),rep("rat",3)),4),
                      sex=rep(c(rep("M",12),rep("F",12))),
                      stringsAsFactors = F)

design.df$species и design.df$sex оба равны factors:

design.df$species <- factor(design.df$species,levels=c("mouse","rat"))
design.df$sex <- factor(design.df$sex,levels=c("F","M"))

Контрастное кодирование design.df$species должно быть contr.treatment, тогда как кодирование design.df$sex должно быть contr.sum.

Чтобы установить его как model.matrix, я подумал, что, возможно, это сработает:

contrasts.list <- list(batch=NA,species="contr.treatment",sex="contr.sum")

design.mat <- model.matrix(as.formula(paste0("~",paste(model.factors,collapse="+"))),contrasts=contrasts.list,data=design.df)

Очевидно, это не работает в соответствии с ошибкой, которую я получаю:

Error in `contrasts<-`(`*tmp*`, value = contrasts.arg[[nn]]) : 
  contrasts apply only to factors

Итак, мой вопрос: как мне получить model.matrix из design.df в соответствии с указанным мной contrasts.list?


r lm model.matrix
person dan    schedule 12.04.2017    source источник

Ответы (1)


arrow_upward
1
arrow_downward

Вы используете переменную model.factors, которая нигде не определена. Не уверен, что это за цель. Если вам просто нужны все эти значения как ковариаты, вы можете сделать

contrasts.list <- list(species="contr.treatment", sex="contr.sum")
design.mat <- model.matrix(~., contrasts=contrasts.list, data=design.df)

Обратите внимание, что ваш contrasts.list должен иметь значения только для факторных переменных. Не включайте batch.

person MrFlick    schedule 12.04.2017