Я использую алгоритм водораздела, чтобы попытаться сегментировать соприкасающиеся ядра. Типичное изображение может выглядеть так: или это:
Я пытаюсь применить алгоритм водораздела с помощью этого кода:
show(RGB_img)
%Convert to grayscale image
I = rgb2gray(RGB_img);
%Take structuring element of a disk of size 10, for the morphological transformations
%Attempt to subtract the background from the image: top hat is the
%subtraction of the open image from the original
%Morphological transformation to subtract background noise from the image
%Tophat is the subtraction of an opened image from the original. Remove all
%images smaller than the structuring element of 10
I1 = imtophat(I, strel('disk', 10));
%Increases contrast
I2 = imadjust(I1);
%show(I2,'contrast')
%Assume we have background and foreground and assess thresh as such
level = graythresh(I2);
%Convert to binary image based on graythreshold
BW = im2bw(I2,level);
show(BW,'C');
BW = bwareaopen(BW,8);
show(BW,'C2');
BW = bwdist(BW) <= 1;
show(BW,'joined');
%Complement because we want image to be black and background white
C = ~BW;
%Use distance tranform to find nearest nonzero values from every pixel
D = -bwdist(C);
%Assign Minus infinity values to the values of C inside of the D image
% Modify the image so that the background pixels and the extended maxima
% pixels are forced to be the only local minima in the image (So you could
% hypothetically fill in water on the image
D(C) = -Inf;
%Gets 0 for all watershed lines and integers for each object (basins)
L = watershed(D);
show(L,'L');
%Takes the labels and converts to an RGB (Using hot colormap)
fin = label2rgb(L,'hot','w');
% show(fin,'fin');
im = I;
%Superimpose ridgelines,L has all of them as 0 -> so mark these as 0(black)
im(L==0)=0;
clean_img = L;
show(clean_img)
После C = ~BW;
все изображение становится темным. Я считаю, что это связано с тем, что все пиксели изображения имеют значение -inf или меньшее отрицательное число. Есть ли способ обойти это, и если да, то что я могу изменить в своем коде, чтобы этот алгоритм работал? Я экспериментировал с тоннами, и я действительно не знаю, что происходит. Любая помощь будет здорово!
show
? Я не узнаю это. Это что-то из 2016а? - person Tasos Papastylianou   schedule 22.08.2016figure
,imshow
и добавляет метку к фигуре. Это должен быть тот же дисплей, что иimshow
- person muZero   schedule 22.08.2016