Можно ли не отображать ~ для пустых строк в Vim/Neovim?

Как сказал Джеймсан, вы не можете отключить их. Поведение прокрутки также не является специфичным для MacVim — оно работает одинаково в терминале и в gvim:

Вместо того, чтобы рассматривать это как проблему, вам следует научиться видеть в этом часть гибкости Vim. Например, вы можете использовать команду zt для прокрутки текущей строки в верхнюю часть экрана, независимо от того, где она находится в файле. Это может упростить написание макросов, которые выполняют некоторую работу, а затем прокручивают до того места, где вы были. Из-за этого команды ‹C-E› и ‹C-Y› стали проще, как и опция 'scrolloffset'.

Если нужно, переучите свой мозг думать о полосе прокрутки Vim как о сопоставлении с тем, какая строка находится сверху, а не с тем, какой экран виден.

:hi NonText guifg=bg

Эта команда должна установить цвет нетекстовых символов таким же, как цвет фона.

Вим 8.x:

Теперь вы можете изменить цвет только для конца буфера ~:

highlight EndOfBuffer ctermfg=black ctermbg=black

См. список изменений для Vim 8.x.

Вы не можете отключить их, но можете изменить цветовую схему таким образом, чтобы NonText группа выделения окрашена так же, как и группа выделения Normal. Однако это влияет не только на конец тильды документа.

Я сомневаюсь, что это на самом деле «сбивает с толку» полосу прокрутки MacVim, и если это так, то это ошибка в исправлении, которое делает MacVim.

Символы заголовка ~ предназначены для того, чтобы напомнить пользователю, что эти строки не являются частью содержимого буфера.

Приведенный выше трюк с подсветкой скроет символ ~, но он все еще там. Для некоторых терминалов это может даже не работать. Если вы являетесь пользователем Neovim, вы можете использовать fillchars. возможность изменить символ конца буфера следующим образом:

set fillchars=fold:\ ,vert:\│,eob:\ ,msgsep:‾

Это будет использовать пробел вместо ~ для конца буфера, эффективно скрывая раздражающее ~.

Вас также могут заинтересовать обсуждения здесь.