R: ошибки в cor () и corrplot ()

Еще один камень преткновения. У меня есть большой набор данных (называемый «ярко») примерно с 180 тыс. Строк и 165 столбцов. Я пытаюсь создать корреляционную матрицу этих столбцов в R.

Возникло несколько проблем, ни одну из которых я не могу решить с помощью предложений, предложенных на этом и других сайтах.

Во-первых, как я создал набор данных: я сохранил его как файл CSV из Excel. Я понимаю, что CSV должен удалить любое форматирование, так что все, что является числом, должно читаться как число R. Я загрузил его с помощью

brightly = read.csv ("brightly.csv", header = TRUE)

Но я продолжал получать сообщения об ошибках «x должен быть числовым» каждый раз, когда я запускал cor (ярко), поэтому я заменил все NA на 0. (Это может изменить мои данные, но я думаю, что все будет в порядке - все, что «NA», фактически равно 0, либо для непрерывных, либо для фиктивных переменных.)

Теперь я больше не получаю сообщение об ошибке с текстом. Но каждый раз, когда я запускаю cor () - либо для всех переменных одновременно, либо для комбинаций переменных, я получаю «Предупреждающее сообщение: In cor (ярко $ PPV, ярко, use =" complete "): стандартное отклонение составляет нуль"

У меня также есть некоторые корреляции этой одной переменной с другими, которые отображаются как «NA». Я убедился, что ни одна ячейка в данных не имеет значения «NA», поэтому я не знаю, почему я получаю значения «NA» для корреляций.

Я также попробовал оба из следующих вариантов, чтобы ДЕЙСТВИТЕЛЬНО убедиться, что я не включил никаких значений NA:

cor (ярко $ PPV, ярко, use = "pairwise.complete.obs")

а также

cor (ярко $ PPV, ярко, use = "complete")

Но я все еще получаю предупреждения о том, что SD равняется нулю, и я все еще получаю NA.

Есть какие-нибудь идеи относительно того, почему это может происходить?

Наконец, когда я пытаюсь выполнить corrplot, чтобы показать результаты корреляций, я делаю следующее:

brightly2 ‹- cor (ярко) Предупреждение: In cor (ярко): стандартное отклонение равно нулю corrplot (brightly2, method =" number ") Ошибка в if (min (corr)‹ -1 - .Machine $ double.eps | | max (corr)> 1 + .Machine $ double.eps) {: отсутствует значение, где требуется ИСТИНА / ЛОЖЬ

И вместо того, чтобы делать свою красивую матрицу корреляции с цветовой кодировкой, я получаю вот это. Мне еще предстоит найти объяснение того, что это значит.

Любая помощь будет ОЧЕНЬ признательна! Спасибо большое!!


r csv excel r-corrplot
person mclyne    schedule 14.04.2016    source источник
comment
прочтите свои данные как brightly и вставьте в свой вопрос результат str(brightly), как с НА, так и без.   -  person jeremycg    schedule 15.04.2016
comment
Просто чтобы прояснить - везде, где у меня ярко показано выше, вы хотите, чтобы я вместо этого использовал str (ярко), запускал тот же код в R и вставлял вывод сюда? Определенно могу, просто хочу убедиться, что поступаю правильно. Спасибо!   -  person mclyne    schedule 15.04.2016
comment
Я предлагаю вам открыть файл csv в блокноте и посмотреть на столбцы с числами. В столбцах есть числа с запятыми?   -  person chinsoon12    schedule 15.04.2016

Ответы (1)


arrow_upward
0
arrow_downward

Пожалуйста, проверьте, заменили ли вы свои NA на 0 или '0', так как один является символом, а другой - int. Или вы даже можете попробовать использовать функцию as.numeric(column_name) для преобразования ваших char 0s в int 0. Также эта ошибка возникает, если в вашем наборе данных есть факторы, потому что это не значения int, corrplot выдает эту ошибку. Было бы полезно, если бы вы поместили образец своих данных в вопрос, используя

str(head(your_dataset))

Это было бы полезно для вас проверить типы данных столбцов. Сообщите мне, если я ошибаюсь. Cheerio.

person Mighty God Loki    schedule 17.02.2018