чтение из текстового файла в зубчатый массив

Вы, кажется, дважды читаете строки или, возможно, вы перепутали строки и ячейки - в частности, этот фрагмент выглядит действительно странно:

        while ((line = rows.ReadLine()) != null)
        {
            String[][]rows = new String [i][]; ;
            rows = rows.ReadLine();
            String[][] rows = new string[S.Length][];
            i++;
        }

то есть повторное объявление строк, два вызова ReadLine за цикл и т. д. Я подозреваю, что вы имеете в виду string.Split? В любом случае, либо используйте File.ReadAllLines, либо посмотрите на некоторые варианты, представленные вчера. Если вы отчаянно хотите использовать массивы, ядро ​​может выглядеть примерно так:

using System;
using System.IO;
static class Program
{
    static void Main()
    {
        string[] lines = File.ReadAllLines("foo.txt");
        string[][] grid = new string[lines.Length][];
        for (int i = 0; i < lines.Length; i++)
        {
            grid[i] = lines[i].Split(',');
        }

        int totalCount = 0, maleCount = 0, femaleCount = 0,
            m1Total = 0, m2Total = 0, m3Total = 0,
            m1MaleTotal = 0, m1FemaleTotal = 0;
        foreach (string[] line in grid)
        {
            totalCount++;
            int m1 = int.Parse(line[3]),
                m2 = int.Parse(line[4]),
                m3 = int.Parse(line[5]);
            m1Total += m1;
            m2Total += m2;
            m3Total += m3;
            switch (line[1].Trim())
            {
                case "male":
                    maleCount++;
                    m1MaleTotal += m1;
                    break;
                case "female":
                    femaleCount++;
                    m1FemaleTotal += m1;
                    break;
            }
        }
        Console.WriteLine("Rows: " + totalCount);
        Console.WriteLine("Total m1: " + m1Total);
        Console.WriteLine("Average m1: " + ((double)m1Total)/totalCount);
        Console.WriteLine("Male Average m1: " + ((double)m1MaleTotal) / maleCount);
        Console.WriteLine("Female Average m1: " + ((double)m1FemaleTotal) / femaleCount);
    }
}

Опять же - я не могу не подчеркнуть, сколько вы должны делать это с LINQ вместо ручного цикла...

Во-первых, убедитесь, что вы заключаете неуправляемые ресурсы, такие как потоки, в инструкции using.

Лично мне нравится мой класс LineReader, который упрощает чтение строк текста из файла. (или что-то еще, на самом деле).

Далее я бы избегал использования массивов. если вам действительно не нужно. List<T> вообще намного приятнее работать. Теперь, если string.Split делает то, что вы хотите, вы можете легко получить List<String[]>. В качестве альтернативы вы, вероятно, можете выполнить большую часть работы с помощью LINQ:

var query = from line in new LineReader("c:\\practice.txt")
            let parts = line.Split(',')
            select new { Gender=parts[2], Amount=int.Parse(parts[3]) };

Взять несколько агрегатов из одного потока данных в «обычном» LINQ сложно (именно поэтому мы с Марком Гравеллом разработали Отправить LINQ). Однако вы можете использовать обычный оператор foreach:

int totalCounter = 0, totalSum = 0;
int maleCount = 0, maleSum = 0, femaleCount = 0, femaleSum = 0;
foreach (var row in query)
{
    totalCounter++;
    totalSum += row.Amount;
    switch (row.Gender)
    {
        case "male":
            maleCount++;
            maleSum += Amount;
            break;
        case "female":
            femaleCount++;
            femaleSum += Amount;
            break;
    }
}

Если вы сгруппировали строки по полу, вы могли бы сделать это еще проще, особенно если вы знаете, что пол всегда «мужской» или «женский».