Ошибка пакета R в get (rgeos, envir = .MAPTOOLS_CACHE): объект «rgeos» не найден

Я новичок в R и его системе пакетов, только что написал свой первый пакет с намерением использовать его с OpenCPU.

при выполнении этой функции:

#' Create a PNG which shows interpolated senseMap Data
#' 
#' @export
#' @import jsonlite
#' @import sp
#' @import gstat
#' @import rgeos
#' @import maptools
#' @param JSON

inteRidwTest <- function(input){
  ### JSON to data.frame ###
  oSeM_df <- input
  ### data.frame to spatialPointsDataFrame ###
  coordinates(oSeM_df) =~longitude+latitude
  ### adding CRS to the data ###
  proj4string(oSeM_df)="+proj=longlat +datum=WGS84"
  project_df=spTransform(oSeM_df, CRS("+proj=longlat +datum=WGS84")) 
  ### creating a bounding box ###
  bbox <- bbox(oSeM_df)
  ### creating a grid based on the bbox ###
  x.range <- as.numeric(c(floor(bbox[1]), ceiling(bbox[3]))) # min/max longitude of the interpolation area
  y.range <- as.numeric(c(floor(bbox[2]), ceiling(bbox[4])))# min/max latitude of the interpolation area  
  grd <- expand.grid(x = seq(from = x.range[1], to = x.range[2], by = 0.1), y = seq(from = y.range[1], to = y.range[2], by = 0.1))
  coordinates(grd) <- ~x + y
  gridded(grd) <- TRUE
  grdSp <- as(grd, "SpatialPolygons")
  ### adding CRS to grid ###
  proj4string(grdSp)="+proj=longlat +datum=WGS84"
  grd_df=spTransform(grdSp, CRS("+proj=longlat +datum=WGS84")) 
  ### setting up basegrid for the png ###
  grdSp.union <- unionSpatialPolygons(grd_df, rep("x", length(slot(grd_df,"polygons"))))
  llGRD <- GE_SpatialGrid(grdSp.union)
  llGRD_in <- over(llGRD$SG, grdSp.union)
  llSGDF <- SpatialGridDataFrame(grid = slot(llGRD$SG,"grid"), proj4string = CRS(proj4string(llGRD$SG)), data = data.frame(in0 = llGRD_in))
  llSPix <- as(llSGDF, "SpatialPixelsDataFrame")
  ### IDW ###
  llSPix$pred <- idw(value ~ 1, oSeM_df, llSPix)$var1.pred
  return(llSPix$pred)
#   ### create the png ###
#   png(file = "idw.png", width = llGRD$width,height = llGRD$height, bg = "transparent")
#   par(mar = c(0, 0, 0, 0), xaxs = "i", yaxs = "i")
#   image(llSPix, "pred", col = bpy.colors(20, alpha=0.7))
#   dev.off()
}

с этим вводом: https://gist.githubusercontent.com/mdragunski/643a8557a4a0e37d30a1/raw/02d26c3ce83ee0c0c704b7c53984c640002c331f/oSeM-Data-processed.json

выдается следующая ошибка:

Ошибка OpenCPU Объект HTTP 400 «rgeos» не найден

При вызове: get("rgeos", envir = .MAPTOOLS_CACHE)

та же ошибка возникает при попытке использовать этот пакет и функцию локально. Если пакет rgeos установлен и добавлен перед пакетом inteRsense, он работает так, как задумано.

Ошибка, похоже, связана с пакетами rgeos и maptools, которые импортирует мой пакет, я хотел бы изменить порядок, в котором эти пакеты импортируются при использовании моего пакета. Но я не могу понять, как это сделать в файле NAMESPACE:

# Generated by roxygen2: do not edit by hand

export(helloWorld)
export(inteRidw)
export(inteRidwTest)
import(gstat)
import(jsonlite)
import(maptools)
import(rgeos)
import(sp)

Итак, я думаю, мой вопрос здесь: как изменить файл NAMESPACE в пакете R? Но на самом деле я благодарен за любую помощь.


person mdragunski    schedule 23.02.2016    source источник


Ответы (1)


Как изменить файл NAMESPACE в пакете R?

Чтобы изменить файл NAMESPACE в пакете R, вам необходимо:

  1. загрузите исходный код пакета *.tar или *.zip из доступного источника (например, ссылка на пакет maptools)
  2. Отредактируйте файл NAMESPACE и добавьте строку с указанием пакета или функции/пакета для импорта.
  3. Отредактируйте файл DESCRIPTION и добавьте пакет в поле «зависит» или «импорт».
  4. Пересоздайте пакет

Проблема в том, что изменение будет локальным и вам придется распространять измененный пакет самостоятельно.

В этом случае, возможно, лучшим решением будет связаться с сопровождающим пакета и посмотреть, сможет ли он решить проблему и обновить пакет в репозитории крана.

Однако я испытываю ту же проблему. Я получаю эту ошибку:

Error in get("rgeos", envir = .MAPTOOLS_CACHE) : object 'rgeos' not found

когда разрабатываемый мной пакет вызывает функцию maptools «unionSpatialPolygons». Пакет, над которым я работаю, импортирует пакеты maptools и rgeos, но все равно не работает. Если пакет maptools загружен пользователем вручную, все работает нормально.

Таким образом, еще одно временное решение — загрузить пакет maptools после загрузки вашего пакета.

ОБНОВЛЕНИЕ

Я отредактировал файл DESCRIPTION пакета, над которым работаю. Я переместил пакет «maptools» из поля «импорт» в поле «зависит», и проблема, похоже, исчезла!

person D-Lorenz    schedule 08.03.2016