R circlize: ошибка в circos.initialize

Я могу легко следовать примеру Circlize в описании пакета на CRAN:

library('circlize')
set.seed(123)
mat = matrix(sample(1:100, 18, replace = TRUE), 3, 6)
rownames(mat) = letters[1:3]
colnames(mat) = LETTERS[1:6]
### basic settings
par(mfrow = c(3, 2))
par(mar = c(1, 1, 1, 1))
chordDiagram(mat)

однако, когда я заменяю mat на myMatrix, я получаю эту ошибку:

Error in circos.initialize(factors = factor(cate, levels = cate), xlim = cbind(rep(0,  : 
  Since `xlim` is a matrix, it should have same number of rows as the length of the level of `factors` and number of columns of 2.

Может кто-нибудь объяснить, почему я получаю это сообщение? Разницы между mat и myMatrix не вижу кроме myMatrix больше:

    A   B   C   D   E   F   G   H   I   J   K   L   M   N   O   P   Q   R   S   T   U   V   W   X   Y   Z   A2  B2  C2  D2
A   1060360.659 0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
B   0   32143148.75 996976.8445 0   4944648.524 5688385.041 61990.5913  0   0   0   0   -1563.225   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   31922242.6
C   0   0   6342776.843 0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
D   0   0   0   28617385.81 17842142.64 0   0   0   0   0   0   0   0   409444.5633 0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
E   0   0   0   4990921.202 105686446.3 536246.2188 0   0   0   0   0   0   0   8587899.583 0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   378565.5746
F   0   92732.7741  0   4282.9319   33543553.89 36773976.59 1894761.93  0   0   333209.342  0   20739.0655  327956.7365 0   1022673.163 12229.0255  0   0   386112.1743 224039.3207 0   2395066.197 268247.2897 0   0   0   0   0   0   11926701.96
G   0   0   0   0   0   0   7753767.003 0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
H   0   0   0   0   0   5184133.29  0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
I   0   0   0   0   462767.7374 0   0   0   8992223.296 0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
J   0   0   0   0   0   0   0   0   0   1950552.642 0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
K   0   0   0   0   891032.5584 0   0   0   0   0   520107.9821 0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   26724.8402  0   0   0   418902.5203
L   0   0   0   0   32044317.54 28147.5693  0   0   0   0   0   5383919.293 0   489912.5412 0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   4559115.003
M   0   0   0   0   0   3125823.41  0   0   0   0   0   0   1738293.164 0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
N   0   1053825.966 -8526.9758  1283429.314 60333051.34 2621812.931 -1130.1924  0   -779545.8004    8055145.684 918.8702    -379747.1919    -177.6205   298563606.5 -9316.8654  0   0   0   0   0   2631991.077 0   0   0   0   0   1107369.803 0   0   118812465
O   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   1500451.292 0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   7432418.396
P   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
Q   0   0   1496058.76  0   -4056617.74 294503  0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   410.4   0   0   0   0   0   0   0   1765984767

Код

dd <- read.table(header = TRUE, text = "  rn  A   B   C   D   E   F   G   H   I   J   K   L   M   N   O   P   Q   R   S   T   U   V   W   X   Y   Z   A2  B2  C2  D2
A   1060360.659 0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
                 B   0   32143148.75 996976.8445 0   4944648.524 5688385.041 61990.5913  0   0   0   0   -1563.225   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   31922242.6
                 C   0   0   6342776.843 0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
                 D   0   0   0   28617385.81 17842142.64 0   0   0   0   0   0   0   0   409444.5633 0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
                 E   0   0   0   4990921.202 105686446.3 536246.2188 0   0   0   0   0   0   0   8587899.583 0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   378565.5746
                 F   0   92732.7741  0   4282.9319   33543553.89 36773976.59 1894761.93  0   0   333209.342  0   20739.0655  327956.7365 0   1022673.163 12229.0255  0   0   386112.1743 224039.3207 0   2395066.197 268247.2897 0   0   0   0   0   0   11926701.96
                 G   0   0   0   0   0   0   7753767.003 0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
                 H   0   0   0   0   0   5184133.29  0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
                 I   0   0   0   0   462767.7374 0   0   0   8992223.296 0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
                 J   0   0   0   0   0   0   0   0   0   1950552.642 0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
                 K   0   0   0   0   891032.5584 0   0   0   0   0   520107.9821 0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   26724.8402  0   0   0   418902.5203
                 L   0   0   0   0   32044317.54 28147.5693  0   0   0   0   0   5383919.293 0   489912.5412 0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   4559115.003
                 M   0   0   0   0   0   3125823.41  0   0   0   0   0   0   1738293.164 0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
                 N   0   1053825.966 -8526.9758  1283429.314 60333051.34 2621812.931 -1130.1924  0   -779545.8004    8055145.684 918.8702    -379747.1919    -177.6205   298563606.5 -9316.8654  0   0   0   0   0   2631991.077 0   0   0   0   0   1107369.803 0   0   118812465
                 O   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   1500451.292 0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   7432418.396
                 P   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0
                 Q   0   0   1496058.76  0   -4056617.74 294503  0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   0   410.4   0   0   0   0   0   0   0   1765984767")

myMatrix <- as.matrix(dd[, -1])
rownames(myMatrix) <- dd[, 1]
chordDiagram(myMatrix)

r plot circlize chord-diagram
person user3390169    schedule 27.01.2016    source источник
comment
есть кто там?   -  person user3390169    schedule 29.01.2016
comment
Я также попытался преобразовать приведенную выше матрицу в список со столбцами «от», «до», «значение», но это не сработало.   -  person user3390169    schedule 30.01.2016
comment
Я не могу воспроизвести ошибку: у меня все работает нормально.   -  person HubertL    schedule 30.01.2016
comment
Не могли бы вы добавить свою реализацию myMatrix?   -  person    schedule 30.01.2016
comment
ваша матрица мне подходит   -  person rawr    schedule 30.01.2016
comment
возможно, опубликуйте свой sessionInfo() / обновите свои пакеты   -  person NicE    schedule 30.01.2016
comment
@CeylanB. myMatrix был создан следующим образом: A<-read.csv(file="C:/Users/jesse/Desktop/A.csv", header=TRUE, sep=",", row.names=1) B<-read.csv(file="C:/Users/jesse/Desktop/RFrontier/B.csv", header=TRUE, sep=",", row.names=1) myMatrix<-A + B   -  person user3390169    schedule 01.02.2016
comment
Вы можете поделиться своими файлами csv для загрузки?   -  person erasmortg    schedule 02.02.2016
comment
@ user3390169, попробуйте myMatrix = as.matrix(A + B).   -  person Zuguang Gu    schedule 18.02.2016
comment
@ZuguangGu да, это была проблема   -  person user3390169    schedule 27.02.2016
comment
@ZuguangGu, не могли бы вы предложить это в качестве ответа, чтобы его можно было принять и пометить вопрос как решенный?   -  person Rilcon42    schedule 31.05.2016
comment
@ Rilcon42, извините, я не видел вашего ответа. Теперь я помещаю это как ответ и добавляю еще несколько объяснений.   -  person Zuguang Gu    schedule 11.07.2016

Ответы (1)


arrow_upward
3
arrow_downward

В старой версии circlize матрица должна относиться к классу matrix, а не к классу data.frame, поэтому вам необходимо явно преобразовать фрейм данных:

myMatrix = as.matrix(A + B)

В circlize кадр данных предназначен для данных, хранящихся в виде списка смежности (например, первый столбец для группы 1, второй столбец для группы 2, третий столбец для силы отношения).

Поскольку read.table() всегда возвращает класс data.frame, в новой версии circlize нормально, если матрица представлена ​​в виде фрейма данных. Если это фрейм данных, chordDiagram() сначала проверит, больше ли количество столбцов, чем 3, и все ли столбцы являются числовыми. Если это так, он будет преобразован в матрицу внутри.

person Zuguang Gu    schedule 11.07.2016