Согласно руководству по MySQL:
Для больших таблиц блокировка таблицы часто лучше, чем блокировка строки.
Почему это? Я бы предположил, что блокировка на уровне строк лучше, потому что, когда вы блокируете большую таблицу, вы блокируете больше данных.