Существуют ли в R-Hadoop методы mapreduce, аналогичные setup() и cleanup() в Java mapreduce?

Если вы про рмр2, то нет. Если бы вы подробно описали свой вариант использования, я мог бы попытаться придумать альтернативу или узнать что-то, даже если бы я потерпел неудачу. Я предполагаю, что этот доступ к БД должен происходить между картой и уменьшением, но важно понимать, зависит ли операция БД от вывода фазы карты и зависит ли фаза уменьшения от результата операции БД. По моему опыту, это довольно уникальное требование, и мне кажется, что вам нужно решить его с помощью двух заданий, только одной карты и только одного сокращения.