Запросы Slick 3.0 (scala) не возвращают данные, пока они не будут запущены несколько раз (я думаю)

Так что я очень (крайне) новичок в базах данных, slick и scala, поэтому я использовал пример кода из их документации по адресу http://slick.typesafe.com/doc/3.0.0/gettingstarted.html

Моя проблема в том, что по какой-то причине мне приходится запускать запрос несколько раз, прежде чем он вернет данные. Мне нужно перезапустить его как минимум 3-4 раза, прежде чем он вернет результаты. Я использую цикл for для повторного запуска запроса, и они не всегда дают мне одинаковые результаты каждый раз.

для создания двух таблиц следующим образом:

  class Patients(tag: Tag) extends Table[(String, String, Int, String)](tag, "Patientss") {
    def PID = column[String]("Patient Id", O.PrimaryKey)

    def Gender = column[String]("Gender")

    def Age = column[Int]("Age")

    def Ethnicity = column[String]("Ethnicity")

    def * = (PID, Gender, Age, Ethnicity)
  }

  val patientsss = TableQuery[Patients]

  class DrugEffect(tag: Tag) extends Table[(String, String, Double)](tag, "DrugEffectss") {

    def DrugID = column[String]("Drug ID", O.PrimaryKey)

    def PatientID = column[String]("Patient_ID")

    def DrugEffectssss = column[Double]("Drug Effect")

    def * = (DrugID, PatientID, DrugEffectssss)

    def Patient = foreignKey("Patient_FK", PatientID, patientsss)(_.PID)}

 val d_effects = TableQuery[DrugEffect]

Затем я создаю эти таблицы, используя

  val create_empty = DBIO.seq((patientsss.schema ++ d_effects.schema).create)
  val setup_1 = db.run(create_empty)

У меня есть фактические данные в двух текстовых файлах, которые я анализирую с помощью буферизованного считывателя. Я храню все идентификаторы наркотиков в списке с креативным названием DrugIds.

Затем я начинаю заполнять таблицы следующим образом.

Сначала я заполняю таблицу пациентов:

   while (switch != 1) {

    val Patient = CurPatient.split("\\s+")

    if (Patient(2).toUpperCase() == "NA" || (Patient(2).toFloat % 1 != 0))
      age = -1
    else age = Patient(2).toInt

    val insertPatient: DBIO[Option[Int]] = patientsss ++= Seq(
      (Patient(0), Patient(1), age, Patient(3))
    )       

    var future = db.run(insertPatient)



    CurPatient = PatientReader.readLine()

    if (CurPatient == null)
      switch = 1 //switch to 1

  }

Для таблицы DrugEffects я делаю следующее:

 while (switch != 1) {

    val Effect = CurEffect.split("\\s+")

    for (i <- 1 until DrugIds.size - 1) {
      if (Effect(i).toUpperCase() == "NA")
        d_ef = -1.00

      else d_ef = (Effect(i).toFloat).asInstanceOf[Double]


      val insertEffect: DBIO[Option[Int]] = d_effects ++= Seq(
        (DrugIds(i), Effect(0), d_ef)
      )
      var future2 = db.run(insertEffect)
    }


    CurEffect = EffectReader.readLine()

    if (CurEffect == null)
      switch = 1
  }

Затем я запускаю запрос со следующим фрагментом кода

val q1 = for {
    c <- patientsss
  } yield (c.PID, c.Gender, c.Age, c.Ethnicity)

  db.stream(q1.result).foreach(println)

Это должно просто дать мне все данные в таблице пациентов, но это не обязательно.

Иногда я получаю следующую ошибку (но не всегда):

java.util.concurrent.RejectedExecutionException: Task slick.backend.DatabaseComponent$DatabaseDef$$anon$3@47089c2c rejected from java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor@6453123[Terminated, pool size = 0, active threads = 0, queued tasks = 0, completed tasks = 215]
at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor$AbortPolicy.rejectedExecution(ThreadPoolExecutor.java:2048)
at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor.reject(ThreadPoolExecutor.java:821)
at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor.execute(ThreadPoolExecutor.java:1372)
at scala.concurrent.impl.ExecutionContextImpl$$anon$1.execute(ExecutionContextImpl.scala:136)
at slick.backend.DatabaseComponent$DatabaseDef$class.scheduleSynchronousStreaming(DatabaseComponent.scala:253)
at slick.jdbc.JdbcBackend$DatabaseDef.scheduleSynchronousStreaming(JdbcBackend.scala:38)
at slick.backend.DatabaseComponent$BasicStreamingActionContext.restartStreaming(DatabaseComponent.scala:516)
at slick.backend.DatabaseComponent$BasicStreamingActionContext.request(DatabaseComponent.scala:531)
at slick.backend.DatabasePublisher$$anon$3$$anonfun$onNext$2.apply(DatabasePublisher.scala:50)
at slick.backend.DatabasePublisher$$anon$3$$anonfun$onNext$2.apply(DatabasePublisher.scala:49)
at scala.concurrent.impl.CallbackRunnable.run(Promise.scala:32)
at scala.concurrent.impl.ExecutionContextImpl$AdaptedForkJoinTask.exec(ExecutionContextImpl.scala:121)
at scala.concurrent.forkjoin.ForkJoinTask.doExec(ForkJoinTask.java:260)
at scala.concurrent.forkjoin.ForkJoinPool$WorkQueue.pollAndExecAll(ForkJoinPool.java:1253)
at scala.concurrent.forkjoin.ForkJoinPool$WorkQueue.runTask(ForkJoinPool.java:1346)
at scala.concurrent.forkjoin.ForkJoinPool.runWorker(ForkJoinPool.java:1979)
at scala.concurrent.forkjoin.ForkJoinWorkerThread.run(ForkJoinWorkerThread.java:107)

Если я запускаю более сложный запрос, данные, которые я возвращаю, точно соответствуют параметрам запроса, но возникают те же проблемы, а именно: результаты либо дублируются, либо отсутствуют, либо не полны (когда я повторно запускаю запрос несколько раз). раз).

Объясните, как мне 5, если можете, или укажите мне ресурс, который может помочь мне решить эти проблемы.

РЕДАКТИРОВАТЬ:

ответ bjfletcher сработал (спасибо!), но теперь у меня другая проблема:

Время от времени код будет давать сбой с ошибкой:

    Exception in thread "main" org.h2.jdbc.JdbcSQLException: Table "Patientss" not found; SQL statement:
insert into "Patientss" ("Patient Id","Gender","Age","Ethnicity")  values (?,?,?,?) [42102-162]
    at org.h2.message.DbException.getJdbcSQLException(DbException.java:329)
    at org.h2.message.DbException.get(DbException.java:169)
    at org.h2.message.DbException.get(DbException.java:146)
    at org.h2.command.Parser.readTableOrView(Parser.java:4758)
    at org.h2.command.Parser.readTableOrView(Parser.java:4736)
    at org.h2.command.Parser.parseInsert(Parser.java:954)
    at org.h2.command.Parser.parsePrepared(Parser.java:375)
    at org.h2.command.Parser.parse(Parser.java:279)
    at org.h2.command.Parser.parse(Parser.java:251)
    at org.h2.command.Parser.prepareCommand(Parser.java:217)
    at org.h2.engine.Session.prepareLocal(Session.java:415)
    at org.h2.engine.Session.prepareCommand(Session.java:364)
    at org.h2.jdbc.JdbcConnection.prepareCommand(JdbcConnection.java:1121)
    at org.h2.jdbc.JdbcPreparedStatement.<init>(JdbcPreparedStatement.java:71)
    at org.h2.jdbc.JdbcConnection.prepareStatement(JdbcConnection.java:267)
    at slick.jdbc.JdbcBackend$SessionDef$class.prepareStatement(JdbcBackend.scala:252)
    at slick.jdbc.JdbcBackend$BaseSession.prepareStatement(JdbcBackend.scala:386)
    at slick.jdbc.JdbcBackend$SessionDef$class.withPreparedStatement(JdbcBackend.scala:301)
    at slick.jdbc.JdbcBackend$BaseSession.withPreparedStatement(JdbcBackend.scala:386)
    at slick.driver.JdbcInsertInvokerComponent$BaseInsertInvoker.preparedInsert(JdbcInsertInvokerComponent.scala:177)
    at slick.driver.JdbcInsertInvokerComponent$BaseInsertInvoker$$anonfun$internalInsertAll$1.apply(JdbcInsertInvokerComponent.scala:201)
    at slick.jdbc.JdbcBackend$BaseSession.withTransaction(JdbcBackend.scala:422)
    at slick.driver.JdbcInsertInvokerComponent$BaseInsertInvoker.internalInsertAll(JdbcInsertInvokerComponent.scala:198)
    at slick.driver.JdbcInsertInvokerComponent$BaseInsertInvoker.insertAll(JdbcInsertInvokerComponent.scala:194)
    at slick.driver.JdbcInsertInvokerComponent$InsertInvokerDef$class.$plus$plus$eq(JdbcInsertInvokerComponent.scala:73)
    at slick.driver.JdbcInsertInvokerComponent$BaseInsertInvoker.$plus$plus$eq(JdbcInsertInvokerComponent.scala:152)
    at slick.driver.JdbcActionComponent$InsertActionComposerImpl$$anonfun$$plus$plus$eq$1.apply(JdbcActionComponent.scala:459)
    at slick.driver.JdbcActionComponent$InsertActionComposerImpl$$anonfun$$plus$plus$eq$1.apply(JdbcActionComponent.scala:459)
    at slick.driver.JdbcActionComponent$InsertActionComposerImpl$$anon$8.run(JdbcActionComponent.scala:449)
    at slick.driver.JdbcActionComponent$InsertActionComposerImpl$$anon$8.run(JdbcActionComponent.scala:447)
    at slick.backend.DatabaseComponent$DatabaseDef$$anon$2.liftedTree1$1(DatabaseComponent.scala:231)
    at slick.backend.DatabaseComponent$DatabaseDef$$anon$2.run(DatabaseComponent.scala:231)
    at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor.runWorker(ThreadPoolExecutor.java:1145)
    at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor$Worker.run(ThreadPoolExecutor.java:615)
    at java.lang.Thread.run(Thread.java:745)

Происходит не постоянно, но очень часто, и я понятия не имею, что это значит


mysql scala slick slick-3.0
person S2C    schedule 25.06.2015    source источник

Ответы (1)


arrow_upward
4
arrow_downward

Все вызовы БД возвращаются к вам немедленно с Futures, даже если они еще не завершили свои операции. Это асинхронно, а не синхронно.

Вы можете изменить свой код для размещения Futures одним из двух способов:

  1. вы можете использовать Await.result со всеми вызовами БД, чтобы дождаться их завершения, например: Await.result(db.run(insertEffect), Duration.Inf)

  2. вы можете использовать .map (или .flatMap, если вы используете другой Future изнутри) с кодом, который вы хотите запустить после завершения операции БД. Например: db.run(insertEffect).map(_ => ... do stuff... )

Взгляните на другой поток переполнения стека , касающийся исключение с некоторыми идеями относительно причины.

person bjfletcher    schedule 25.06.2015
comment
Эй, я только что обновил сообщение, вы знаете, что может быть причиной этой ошибки? Это происходит только в том случае, если я запускаю код дважды или трижды подряд с довольно небольшой задержкой между ними. - person S2C; 26.06.2015
comment
@ S2C Похоже, вы пытаетесь запустить оператор вставки до завершения создания таблицы. Как сказал bjfletcher, все вызовы db выполняются асинхронно в slick. Попробуйте обернуть db.run(create_empty) в Await.result. - person Roman; 26.06.2015
comment
Я поместил свои операторы БД внутрь ожидания, которые устранили исходную проблему. Теперь у меня есть новая ошибка, с которой я обновил сообщение. Кроме того, как импортировать эту базу данных как класс, например, или это невозможно сделать - person S2C; 26.06.2015
comment
setup_1.map(_ =› ваш цикл while), чтобы заблокировать цикл while до тех пор, пока БД не будет настроена. Что касается импорта, посмотрите образцы Slick для примеров. Любые проблемы, задайте новый вопрос на SO, а не меняйте вопрос здесь. - person bjfletcher; 26.06.2015