Аналог SGE .bashrc?

Когда я отправляю задание с qsub в SGE, оболочка задания не будет читать .bashrc. Есть ли файл, аналогичный .bashrc, который будет считываться оболочкой всех заданий, запущенных с qsub?

Я знаю, что есть файл .sge_request, но он содержит только параметры по умолчанию для qsub, а не список команд, таких как .bashrc. Я хочу установить некоторые переменные среды для моей работы, например $PATH и $LD_LIBRARY_PATH. Я не думаю, что смогу сделать это с .sge_request, но если смогу, это также решит мою проблему.


sungridengine qsub
person becko    schedule 20.05.2015    source источник
comment
Вы можете вызвать файл config, видимый из сетки внутри вашего сценария задания. В моей рабочей среде моя домашняя папка видна из сетки, поэтому я помещаю туда все файлы конфигурации для своих заданий сетки.   -  person dlavila    schedule 20.05.2015

Ответы (2)


arrow_upward
2
arrow_downward

Это лучше сделать с помощью параметра -V для qsub , который импортирует все наборы переменных среды, включая те, что находятся в .bashrc.

person Vince    schedule 20.05.2015
comment
Проблема в том, что он импортирует ВСЕ переменные среды. Из-за этого я получаю некоторые ошибки с module. - person becko; 20.05.2015
comment
Почему бы просто не поместить их в сценарий задания перед выполнением программы, выполняющей анализ? Или, если вы хотите обобщить его для сценариев, вы можете source создать отдельный сценарий, содержащий переменные в сценарии задания. - person Vince; 20.05.2015
comment
Другая идея состоит в том, чтобы использовать сценарий prolog, но для этого потребуется доступ администратора к конфигурации кластера (я думаю). - person Vince; 20.05.2015

arrow_upward
0
arrow_downward

.bashrc можно прочитать, если вы отправляете интерактивное задание, просто измените заголовок своего сценария задания на:

#!/bin/bash -i
person dlavila    schedule 20.05.2015