Пространства имен R: как получить пакеты импорта при установке и загрузке пакетов R из новой установки R.

Я установил новый R и RStudio на новую Win7 x64. Когда я хочу установить и загрузить пакеты (из RStudio), появляются ошибки, которые, по-видимому, связаны с директивой импорта пространства имен пакетов. Например, масштабируется при попытке загрузить ggplot2 (с некоторыми датскими промежуточными значениями):

> install.packages('ggplot2')
Installing package into ‘C:/Users/me/Documents/R/win-library/3.1’
(as ‘lib’ is unspecified)
trying URL 'http://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/3.1/ggplot2_1.0.1.zip'
Content type 'application/zip' length 2675576 bytes (2.6 MB)
opened URL
downloaded 2.6 MB

package ‘ggplot2’ successfully unpacked and MD5 sums checked

The downloaded binary packages are in
    C:\Users\me\AppData\Local\Temp\RtmpodrNFq\downloaded_packages
> library(ggplot2)
Error in get(Info[i, 1], envir = env) : 
  cannot open file 'C:/Users/me/Documents/R/win-library/3.1/scales/R/scales.rdb': No such file or directory
Error: indlæsning af pakke eller navnerum fejlede for ‘ggplot2’

Нужно ли мне делать «install.packages ()» для масштабирования пакетов (и всех других отсутствующих пакетов) или есть способ сделать это более автоматизированным, когда у вас есть новая установка R.

Конечно, я не понимаю концепцию пространств имен пакетов и пытался прочитать другие вопросы SO, такие как this и this - и в конечном итоге рискуете дублировать вопрос.


r install.packages namespaces
person user3375672    schedule 05.04.2015    source источник

Ответы (1)


arrow_upward
0
arrow_downward

Если вы посмотрите на файл DESCRIPTION, вы увидите:

Depends: R (>= 2.14), stats, methods
Imports: plyr (>= 1.7.1), digest, grid, gtable (>= 0.1.1), reshape2,
        scales (>= 0.2.3), proto, MASS

Таким образом, вы, вероятно, видите побочный эффект отсутствия установленного пакета scales. Вы можете либо просмотреть файл DESCRIPTION, используя файловый браузер, либо выполнив:

 help(pac=ggplot2)   # and click on the DESCRIPTION file link at the top of that page.
person IRTFM    schedule 05.04.2015
comment
Да, я понял, что у меня нет пакетов, упомянутых в разделе «Импорт» (поскольку это новая установка Windows и R). И я также понял, что мне нужно их установить. Мой вопрос заключался в том, следует ли это делать вручную с помощью import.packages() для всех отсутствующих пакетов Imports? - person user3375672; 06.04.2015
comment
Если бы вы выполнили install.packages('ggplot2', dependencies=TRUE), вы могли бы избежать проблемы. Обычно у меня настроена только одна библиотека, поэтому для меня нет никакой двусмысленности в отношении того, куда что должно идти, но вам может потребоваться указать аргумент 'lib', так как вы получили это предупреждение. - person IRTFM; 06.04.2015
comment
Однако я не знаю, как указать .libPaths() только в одном месте при использовании RStudio. Похоже, что RStudio настаивает на наличии библиотек в каталогах C:/Users/me/Documents/R/win-library/3.1 и C:/Program Files/R/R-3.1.3/library. Как изменить это поведение (пытался указать .libPaths() в .Rprofile - не сработало. - person user3375672; 06.04.2015
comment
Разве это не будет просто install.packages('ggplot2', lib=.libPaths()[2], dependencies=TRUE)? (Если C:/User/libPath указан первым, вы можете поменять местами 2 на 1.) - person IRTFM; 06.04.2015
comment
Это очень хороший обходной путь. Очень интуитивно - я возьму это точно - person user3375672; 06.04.2015