p.adjust дает неожиданные результаты

Я пытаюсь скорректировать p-значения для списка p-значений, но функция p.adjust дает мне неожиданные значения.

CRISPR_gene_BH <- with(CRISPR_gene, data.frame(Transcript_Cluster_ID, Gene_Symbol, Fold_Change, ANOVA_p.value,
                                           Adjusted_p.value = p.adjust(CRISPR_gene$ANOVA_p.value, method = "BH"))

> head(CRISPR_gene_BH)
  Transcript_Cluster_ID Gene_Symbol Fold_Change ANOVA_p.value Adjusted_p.value
1              16845410        ETV4       14.44      8.06e-07       0.02385276
2              17055354        ETV1        4.89      9.20e-05       0.99969993
3              17065367   FAM90A20P       -1.11      1.08e-04       0.99969993
4              16962380        ETV5        4.89      1.93e-04       0.99969993
5              16817824      CORO1A        1.29      2.10e-04       0.99969993
6              16912114    RNU1-23P       -1.42      2.85e-04       0.99969993

Точно такие же команды на отдельном наборе данных (с одинаковым количеством зондов, т.е. строк) дают мне это:

> tail(ZFN_hits)
    Transcript_Cluster_ID Gene_Symbol Fold_Change ANOVA_p.value Adjusted_p.value
546              16890067       CREB1       -1.39      0.001823       0.09868273
547              16913095      CEP250       -1.13      0.001824       0.09868273
548              16891152     ZFAND2B       -1.13      0.001828       0.09871867
549              16914791       SNAI1        1.22      0.001833       0.09880838
550              16979024       PITX2       -1.18      0.001837       0.09884396
551              16872760         ERF       -1.33      0.001850       0.09936279

Я использовал tail, чтобы показать, что в этом случае более высокие p-значения имеют более низкие скорректированные p-значения по сравнению с приведенным выше, даже если два набора данных имеют одинаковую длину. Кроме того, если это имеет значение (я читал противоречивые отчеты), p-значения уже были отсортированы в CRISPR_gene. Кто-нибудь может сказать мне, почему это происходит? Я просто не понимаю, как на самом деле работает регулировка BH, или я делаю что-то не так?

Заранее спасибо,
Вероник


r p-value
person Veronique LeBlanc    schedule 24.03.2015    source источник
comment
вы смотрели на этот ответ? stackoverflow.com/questions/10323817 /   -  person sahir    schedule 24.03.2015
comment
Да, но мне это особо не помогает. У меня есть сотни зондов со скорректированным значением p 0,9996..., что означает, что по крайней мере некоторые из них изначально были выше этого значения, и все они были установлены на это значение. Поскольку я ожидаю, что они будут ниже (а не выше), это на самом деле не отвечает на мой вопрос.   -  person Veronique LeBlanc    schedule 25.03.2015