Как я могу объединить несколько тепловых карт, используя R в фигуре сигнала

Я создал 36 тепловых карт с помощью функции pheatmap и хочу отобразить их только на одном рисунке. Я пытался использовать функцию par(), но она не работала, не знаю почему. Может ли кто-нибудь сказать мне, что мне делать? Спасибо большое. Это мой код:

require(graphics);require(grDevices);library("pheatmap", lib.loc="D:/Program Files/R/R-3.1.1/library");library(gplots)
filenames<-list.files("D:/Project/bladder cancer/heatmap0829/heatmap/"); # detect all of the files in the fold
filename2<-strtrim(filenames,nchar(filenames)-4); # all of the filenames without extension names
par(mfrow=c(18,2)) #divide the graphics windows into a 18x2 matrix
for(i in 1:length(filename2)){
rt<-read.table(paste("D:/Project/bladder cancer/heatmap0829/heatmap/",filenames[i],sep = ""), header = T, sep = '\t') # Import the data with the ith file name
size=dim(rt) # the dimensional of the datafram
 cw=400/size[1] #the width of the cell in the heatmap
rt<-log10(rt)
x <- t(data.matrix(rt))
pheatmap(x,color=greenred(256),main=filename2[i],cluster_rows = F, cluster_cols = T,cellwidth = cw, cellheight = 60,border_color =F,fontsize = 8,fontsize_col = 15)}

Это один набор данных

ScaBER  5637
1   1.010001e+02
1.341186e+00    2.505067e+01
1.669456e+01    8.834190e+01
7.141351e+00    3.897474e+01
1.585592e+04    5.858210e+04
1   3.137979e+01
1.498863e+01    7.694948e+01
1.115443e+02    3.642917e+02
1.157677e+01    5.036716e+01
4.926492e+02    8.642784e+03
3.047117e+00    1.872154e+01

У меня есть 36 таких txt-файлов, но я не могу поместить их все сюда. «ScaBER 5637» — это имя столбца этого набора данных.


r pheatmap par
person Zihu Guo    schedule 31.08.2014    source источник
comment
Большинство функций тепловой карты имеют приоритет над обычными настройками par(). Вы должны либо использовать более примитивную функцию, такую ​​как image, либо включать данные и быть более четкими в том, что вы хотите.   -  person IRTFM    schedule 31.08.2014
comment
Большое спасибо за ваш ценный ответ, я добавил один набор данных после моего кода.   -  person Zihu Guo    schedule 31.08.2014
comment
Входными данными для тепловой карты или изображения будет либо матрица, либо z-вектор с указанными векторами x и y. Вы все еще не описали, что вы ожидаете увидеть в этом небольшом примере с данными из двух столбцов.   -  person IRTFM    schedule 31.08.2014

Ответы (1)


arrow_upward
1
arrow_downward

См. этот предыдущий ответ: Гистограмма, ошибка: ошибка на графике .new() : слишком большие поля фигуры

par(mfcol=c(3,12), oma=c(1,1,0,0), mar=c(1,1,1,0), tcl=-0.1, mgp=c(0,0,0))


for(i in 1:36){

  plot(runif(2), runif(2), type="l")

}

dev.off()
person mr.joshuagordon    schedule 31.08.2014
comment
спасибо за ваше предложение, но оно не работает, возможно, есть что-то другое между графиком тепловой карты и другим - person Zihu Guo; 31.08.2014