Почему мой perl-скрипт ведет себя по-разному, если я запускаю его из значка, а не из командной строки?

Это всего лишь второй сценарий Perl, который я написал, поэтому буду очень признателен за любую конструктивную помощь/совет. Также обратите внимание, что я работаю на компьютере с Windows, используя Strawberry Perl. Я знаю, что для Perl существует модуль Tidy, но (по причинам, которые не стоит объяснять в этой заметке) я бы предпочел вызывать tidy.exe из сценария, а не использовать модуль.

Что я хочу, чтобы мой perl-скрипт делал:

1. Возьмите html-файл, скопируйте его и присвойте ему расширение .xml.

2. Запустите tidy.exe для только что сформированного XML-файла, чтобы преобразовать его в правильно сформированный xml.

3. Удалите пространство имен xhtml из вновь созданного правильно сформированного XML-файла.

Когда я запускаю его из командной строки, используя следующую команду G:\TestFolder>perl tidy_cleanup.pl, он дает желаемый результат. Однако, когда я запускаю скрипт из значка, он пропускает шаг 2, указанный выше. Основываясь на приведенном ниже коде, у вас есть идеи, почему он ведет себя таким образом?

Вот мой код:

#!/usr/bin/perl

use strict;
use warnings;

use File::Basename;
use FileHandle;

my $basename;
my @files = glob("*.html");

foreach my $file (@files) {

  my $oldext   = ".html";
  my $newext   = ".xml";
  my $newerext = "v2.xml";

  my $newfile  = $file;
  $newfile     =~ s/$oldext/$newext/;

  my $newerfile = $newfile;
  $newerfile    =~ s/$newext/$newerext/;

  open IN, $file or die "Can't read source file $file: $\n";
  open OUT, ">$newfile" or die "Can't write on file $newfile: $!\n";

  print "Copying $file to $newfile\n";


{while(<IN>)

{  
print OUT $_;  

close(IN);
close(OUT);


}

my $xmltidy = "for \%i in ($newfile) do c:\\Tidy\\tidy.exe --output-xml yes --numeric-entities yes --doctype omit --quote-nbsp no -asxml -utf8 -numeric -m \"\%i\"";
system($xmltidy);


print "\nfinished running tidy \n\n";
}

  {
    open NEWIN,  "$newfile"    or die "Can't read source file $newfile: $!\n";
    open NEWOUT, ">$newerfile" or die "Can't write on file $newerfile: $!\n";

    print "Copying $newfile to $newerfile\n";
    {
      while (<NEWIN>) {
        if ( /(\<html)( xmlns="http:\/\/www.w3.org\/1999\/xhtml" xml:lang="en-GB")(.*)/ ) {
          print NEWOUT "<html$3";
        }
        else {
          print NEWOUT $_;
        }
      }

      close(NEWIN);
      close(NEWOUT);
    }
  }
}