Я взаимодействую с функциями nlme и lme4 R через RPy, и я хотел бы получить доступ к сводке вывода из моей консоли Python.
Я запускаю следующий код:
test1=nlme.lme(r.formula('Pupil~CoI*Time'), random=r.formula('~1|ID'),data=dfr)
test2=nlme.lme(r.formula('Pupil~CoI*measurement'),random=r.formula('~1|ID'),data=dfr)
test1_sum= r.summary(test1)
test2_sum= r.summary(test2)
print test1_sum
print test2_sum
для nlme, а это для lme4:
test1=lme4.lmer(r.formula('Pupil~CoI*Time+(1|ID)'),data=dfr)
test2=lme4.lmer(r.formula('Pupil~CoI*measurement+(1|ID)'),data=dfr)
test1_sum= r.summary(test1)
test2_sum= r.summary(test2)
print test1_sum
print test2_sum
Чтобы получить фрагмент кода с данными и явным импортом, обратитесь к этому блокнот IPython.
Во всех случаях я получаю огромное количество вывода на печать, которое включает ужасно длинный раздел, похожий на:
Data: structure(list(CoI = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L ......
Я хотел бы получить более подробное резюме по строкам:
Random effects:
Formula: ~1 | ID
(Intercept) Residual
StdDev: 0.2201214 0.1199874
Fixed effects: Pupil ~ CoI * measurement
Value Std.Error DF t-value p-value
(Intercept) 1.2068660 0.06369911 5769 18.946357 0
CoIhard -0.0394413 0.00629117 5769 -6.269306 0
measurement -0.0002743 0.00003207 5769 -8.554287 0
CoIhard:measurement 0.0005227 0.00004536 5769 11.524511 0
Correlation:
(Intr) CoIhrd msrmnt
CoIhard -0.049
measurement -0.060 0.612
CoIhard:measurement 0.043 -0.865 -0.707
Standardized Within-Group Residuals:
Min Q1 Med Q3 Max
-9.86773055 -0.37638950 0.02085029 0.43203795 4.97364143
Number of Observations: 5784
Number of Groups: 12
(что входит в то, что я получаю, но после всего вышеперечисленного идут только тысячи записей) Как мне этого добиться?
summary[2]
. Есть ли способ использовать имена изsummary.names
напрямую? какsummary["tTable"]
? В настоящее время я получаю'str' object cannot be interpreted as an index
. - person TheChymera   schedule 14.06.2014.rx2()
с подробными примерами, приведенными здесь: - person CT Zhu   schedule 14.06.2014summary.merMod
вы можете сделатьcapture.output(summary(fitted_model))
в R... - person Ben Bolker   schedule 14.06.2014rx2()
это то, что я искал. Незначительные проблемы с форматированием и типом переменных, которые остаются нерешенными, насколько я могу судить, связаны исключительно с RPy (см. комментарии к ответу). - person TheChymera   schedule 14.06.2014