проблемы с развертыванием скомпилированной войны с jdk 1.5 и развертыванием в среде jdk 1.6 (которая является weblogic 10gR3)

Java 1.6 обратно совместима с Java 1.5.

Однако остановкой могут стать ExecutorService#invokeAll() методы. Скомпилированная версия кода Java 1.5 будет работать в среде выполнения Java 1.6, но везде, где используются вышеупомянутые методы, исходный код Java 1.5 не будет компилироваться для 1.6 из-за изменения дженериков в объявленных методах. В версии 1.5 аргумент Collection объявлен как Collection<Callable<T>>, тогда как в версии 1.6 этот аргумент расширен до Collection<? extends Callable<T>>.

Вам придется либо разработать специально для 1.5, а затем просто запустить на 1.6, либо изменить код, чтобы он соответствовал 1.6, а затем разработать и запустить для 1.6. Но если вы не используете эти методы, то на самом деле вам не о чем беспокоиться.