Высокая нагрузка на сервер из-за mysql

Мы используем VPS и испытываем высокую нагрузку, вызванную сервером mysql. В настоящее время мы не можем найти причину этой проблемы, и поэтому я надеюсь, что кто-то может указать мне правильное направление.

VPS имеет 4 процессора и 4 ГБ (18/11 EDIT: теперь 8 ГБ) оперативной памяти. Информация о дисках недоступна, но я считаю, что они не самые быстрые. На этом VPS мы запускаем 1 установку magento CE 1.7.0.2 с 20 интернет-магазинами и 8 установками wordpress (подключенными к системе magento). У нас есть некоторые пользовательские расширения, установленные в системе magento. Мы используем Ubuntu 13.04 с Nginx 1.2.6, mysql 5.5.34, PHP 5.4.9, Polishd 3.0.4 и используем APC в качестве кэшера кода операции.

При беге сверху:

top - 13:58:21 up 17:51,  2 users,  load average: 4.40, 4.09, 3.91
Tasks: 119 total,   3 running, 116 sleeping,   0 stopped,   0 zombie
%Cpu(s): 94.0 us,  3.5 sy,  0.0 ni,  2.0 id,  0.2 wa,  0.0 hi,  0.0 si,  0.3 st
KiB Mem:   4049220 total,  3101744 used,   947476 free,   253548 buffers
KiB Swap:  1044476 total,    22324 used,  1022152 free,  1442356 cached
PID USER      PR  NI  VIRT  RES  SHR S  %CPU %MEM    TIME+  COMMAND
22378 mysql     20   0 3439m 588m 7888 S 224.0 14.9  73:21.99 mysqld
24650 eemeega6  20   0  532m  56m  28m S  26.0  1.4   0:11.25 php5-fpm
24658 eemeega6  20   0  534m  57m  27m S  25.8  1.5   0:02.80 php5-fpm
24649 eemeega6  20   0  529m  58m  33m S  25.4  1.5   0:12.95 php5-fpm
24652 eemeega6  20   0  532m  61m  33m R  22.2  1.5   0:05.00 php5-fpm
24659 eemeega6  20   0  538m  59m  25m R  16.6  1.5   0:00.83 php5-fpm
24661 eemeega6  20   0  533m  55m  27m S  16.2  1.4   0:00.81 php5-fpm
24648 eemeega6  20   0  535m  65m  34m S  15.4  1.7   0:14.46 php5-fpm
24653 eemeega6  20   0  536m  64m  32m S  11.8  1.6   0:04.55 php5-fpm
24662 eemeega6  20   0  533m  49m  21m S   6.2  1.3   0:00.31 php5-fpm
1236 nobody    20   0  731m 369m  76m S   1.0  9.4   6:38.74 varnishd
22478 www-data  20   0 90532  10m 1044 S   0.4  0.3   0:07.56 nginx
10 root      20   0     0    0    0 S   0.2  0.0   2:29.32 rcu_sched
247 root      20   0     0    0    0 S   0.2  0.0   1:20.05 jbd2/dm-0-8`

Наш файл my.cnf имеет следующие значения:

[client]
port        = 3306
socket      = /var/run/mysqld/mysqld.sock

[mysqld_safe]
socket      = /var/run/mysqld/mysqld.sock
nice        = 0

user        = mysql
pid-file    = /var/run/mysqld/mysqld.pid
socket      = /var/run/mysqld/mysqld.sock
port        = 3306
basedir     = /usr
datadir     = /var/lib/mysql
tmpdir      = /tmp
lc-messages-dir = /usr/share/mysql
skip-external-locking
bind-address        = 127.0.0.1

key_buffer      = 64M
max_allowed_packet  = 1M
thread_stack        = 192K
thread_cache_size       = 8

myisam-recover         = BACKUP
max_connections        = 50
table_cache            = 2048
table_definition_cache = 1024
#thread_concurrency     = 10
thread_cache_size       = 24
wait_timeout        = 60
interactive_timeout = 60

query_cache_limit   = 1M
query_cache_size        = 64M

log_error = /var/log/mysql/error.log
log_slow_queries    = /var/log/mysql/mysql-slow.log
long_query_time = 8
#log-queries-not-using-indexes = /var/log/mysql/mysql-not-indexes.log

expire_logs_days    = 10
max_binlog_size         = 100M

#InnoDB
innodb_buffer_pool_size = 1280M
innodb_additional_mem_pool_size = 32M
innodb_log_buffer_size = 1M
innodb_thread_concurrency = 8
innodb_lock_wait_timeout = 60

[mysqldump]
quick
quote-names
max_allowed_packet  = 16M

[mysql]
#no-auto-rehash # faster start of mysql but no tab completition

[isamchk]
key_buffer      = 16M

!includedir /etc/mysql/conf.d/

Наш вывод из mysqltuner.pl:

[--] Reads / Writes: 97% / 3%
[--] Total buffers: 1.4G global + 2.7M per thread (50 max threads)
[OK] Maximum possible memory usage: 1.6G (40% of installed RAM)
[OK] Slow queries: 0% (0/1M)
[OK] Highest usage of available connections: 42% (21/50)
[OK] Key buffer size / total MyISAM indexes: 64.0M/35.4M
[OK] Key buffer hit rate: 99.8% (902K cached / 1K reads)
[!!] Query cache efficiency: 1.2% (16K cached / 1M selects)
[OK] Query cache prunes per day: 0
[OK] Sorts requiring temporary tables: 0% (0 temp sorts / 739K sorts)
[!!] Joins performed without indexes: 129
[OK] Temporary tables created on disk: 5% (56K on disk / 1M total)
[OK] Thread cache hit rate: 99% (21 created / 16K connections)
[OK] Table cache hit rate: 24% (940 open / 3K opened)
[OK] Open file limit used: 9% (378/4K)
[OK] Table locks acquired immediately: 100% (4M immediate / 4M locks)
[OK] InnoDB data size / buffer pool: 339.7M/1.2G

-------- Recommendations -----------------------------------------------------
General recommendations:
    Run OPTIMIZE TABLE to defragment tables for better performance
    Adjust your join queries to always utilize indexes
Variables to adjust:
    query_cache_limit (> 1M, or use smaller result sets)
    join_buffer_size (> 128.0K, or always use indexes with joins)

Мы запускали mysql дольше, чем 24 часа, и использовали большинство настроек, оптимизированных в соответствии с mysqltuner и tuning-primer. Использованные функции восстановления и оптимизации для оптимизации всех баз данных.

К сожалению, mysql переключается на диск, и я думаю, что это высокая загрузка процессора.

Я надеюсь, что кто-то может указать мне правильное направление поиска причины подкачки/высокой нагрузки. Мы не сталкиваемся с медленными запросами журнала (только при переиндексации magento).

Если кому-то нужна дополнительная информация, пожалуйста, спросите меня.

[РЕШЕНИЕ]:

Таким образом, мы решили эту проблему, отключив постоянные соединения в php.ini: mysql.allow_persistent = Off Мы заметили снижение использования ЦП из-за mysql. Tuning-prmier больше не жалуется на то, что наши приложения не закрывают соединения. У нас есть некоторые улучшения, которые нужно внести, поскольку не все наши запросы правильно используют индексы, но на данный момент это исправление помогает нам поддерживать наш сервер в рабочем состоянии.

С уважением, Сандер.