f2py с компилятором Intel Fortran

Некоторое время назад я столкнулся с похожими проблемами с моим собственным кодом. Если я правильно понимаю комментарии, вы уже использовали подход, который сработал для меня, поэтому это просто пояснение и резюме для всех, кто борется с f2py и зависимостями:

Похоже, что у f2py проблемы с разрешением зависимостей от внешних исходных файлов. Если внешние зависимости передаются в f2py как уже скомпилированные объектные файлы, связывание работает нормально, и библиотека python получает сборку без проблем.

Поэтому кажется, что самое простое решение:

1. скомпилировать все зависимости в объектные файлы (* .o), используя предпочтительный компилятор и настройки компилятора
2. передать все объектные файлы в f2py вместе с исходным файлом вашей основной подпрограммы / function / module / ...
3. использовать сгенерированную библиотеку python, как ожидалось

Простой скрипт python может выглядеть так (pycompile.py):

#!python.exe
# -*- coding: UTF-8 -*-
import os
import platform
'''Uses f2py to compile needed library'''
# build command-strings
# command for compling *.o and *.mod files
fortran_exe = "gfortran "
# fortran compiler settings
fortran_flags = "<some_gfortran_flags> "
# add path to source code
fortran_source = ("./relative/path/to/source_1.f90 "
                  "C:/absolut/path/to/source_2.f90 "                 
                  "...")
# assemble fortran command
fortran_cmd = fortran_exe + fortran_flags + fortran_source

# command for compiling main source file using f2py
f2py_exe = "f2py -c "
# special compiler-options for Linux/ Windows
if (platform.system() == 'Linux'):
    f2py_flags = "--compiler=unix --fcompiler=gnu95 "
elif (platform.system() == 'Windows'):
    f2py_flags = "--compiler=mingw32 --fcompiler=gnu95 "
# add path to source code/ dependencies
f2py_source = ("-m for_to_py_lib "
               "./path/to/main_source.f90 "
               "source_1.o "
               "source_2.o "
               "... "
               )
# assemble f2py command
f2py_cmd = f2py_exe + f2py_flags + f2py_source

# compile .o and .mod files
print "compiling object- and module-files..."
print
print fortran_cmd
os.system(fortran_cmd)
# compile main_source.f90 with f2py
print "================================================================"
print "start f2py..."
print
print f2py_cmd
os.system(f2py_cmd)

Более гибкое решение для больших проектов может быть предоставлено через Makefile, как указано в комментариях @bdforbes (для справки) или пользовательскую команду CMake в сочетании с приведенным выше сценарием:

###############################################################################
# General project properties
################################################################################
# Set Project Name
project (for_to_py_lib)
# Set Version Number
set (for_to_py_lib_VERSION_MAJOR 1)
set (for_to_py_lib_VERSION_MINOR 0)
# save folder locations for later use/ scripting (see pycompile.py)
# relative to SOURCE folder
set(source_root ${CMAKE_CURRENT_LIST_DIR}/SOURCE) # save top level source dir for later use
set(lib_root ${CMAKE_CURRENT_LIST_DIR}/LIBRARIES) # save top level lib dir for later use
# relative to BUILD folder
set(build_root ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}) # save top level build dir for later use

###
### Fortran to Python library
###
find_package(PythonInterp)
if (PYTHONINTERP_FOUND)
    # copy python compile skript file to build folder and substitute CMake variables
    configure_file(${source_root}/pycompile.py ${build_root}/pycompile.py @ONLY)
    # define for_to_py library ending
    if (UNIX)
        set(CMAKE_PYTHON_LIBRARY_SUFFIX .so)
    elseif (WIN32)
        set(CMAKE_PYTHON_LIBRARY_SUFFIX .pyd)
    endif()
    # add custom target to ALL, building the for_to_py python library (using f2py)
    add_custom_target(for_to_py ALL
                      DEPENDS ${build_root}/for_to_py${CMAKE_PYTHON_LIBRARY_SUFFIX})
    # build command for python library (execute python script pycompile.py containing the actual build commands)
    add_custom_command(OUTPUT ${build_root}/for_to_py${CMAKE_PYTHON_LIBRARY_SUFFIX}
                       COMMAND ${PYTHON_EXECUTABLE} ${build_root}/pycompile.py
                       WORKING_DIRECTORY ${build_root}
                       DEPENDS ${build_root}/pycompile.py
                               ${source_root}/path/to/source_1.f90
                               ${source_root}/path/to/source_2.f90
                               ${source_root}/INOUT/s4binout.f90
                       COMMENT "Generating fortran to python library")
    # post build command for python library (copying of generated files)
    add_custom_command(TARGET for_to_py
                       POST_BUILD
                       COMMAND ${CMAKE_COMMAND} -E copy_if_different 
                               ${build_root}/s4_to_py${CMAKE_PYTHON_LIBRARY_SUFFIX}
                               ${lib_root}/for_to_py${CMAKE_PYTHON_LIBRARY_SUFFIX}
                       COMMENT "\
***************************************************************************************************\n\
 copy of python library for_to_py${CMAKE_PYTHON_LIBRARY_SUFFIX} placed in ${lib_root}/for_to_py${CMAKE_PYTHON_LIBRARY_SUFFIX} \n\
***************************************************************************************************"
                       )
endif (PYTHONINTERP_FOUND)

с модифицированным pycompile:

#!python.exe
# -*- coding: UTF-8 -*-
...
fortran_source = ("@source_root@/source_1.f90 "
                  "@source_root@/source_2.f90 "                 
                  "...")
...
# add path to source code/ dependencies
f2py_source = ("-m for_to_py_lib "
               "@build_root@/for_to_py.f90 "
               "source_1.o "
               "source_2.o "
               "... "
               )
...

# compile .o and .mod files
...

Путь к библиотеке указывается с помощью / LIBPATH, а не / L