Изменение порядка панелей в решетчатых графиках в nlme

Я хотел бы опубликовать цифру augPred, созданную nlme, поэтому она должна выглядеть немного лучше (говорят рецензенты). Я хочу переупорядочить панели и изменить заголовки. Я пробовал использовать информацию, которую нашел для решетки, но почему-то она не работает в nlme. Например, я пробовал использовать index.cond. Он меняет порядок панелей, но не в том порядке, который я указал.

Вот оригинальный рисунок:

Рисунок

и код, который я пробовал с этим набором данных data, вам понадобится функция SSbgf:

library(nlme)
grow<-read.table("cobsgddv8.txt", header=T)

grow10<-subset(grow, grow$year == "2010")
grow10$EU<- with(grow10, factor(ground):factor(plot))
grow10G<-groupedData(mass ~ gdd | EU, data=grow10)

fit.beta.10 <- nlsList(mass ~ SSbgf(gdd, w.max, t.e, t.m), data = grow10G)
plot(intervals(fit.beta.10), layout = c(3,1))
fit.nlme.10<-nlme(fit.beta.10, random=pdDiag(w.max ~1))

fit.nlme3.10<-update(fit.nlme.10, random = list(w.max + t.m + t.e ~ 1))

plot(augPred(fit.nlme3.10), layout = c(4,6), xlab="", ylab="", ylim=c(-200,2700), 
index.cond=list(c(3,8,4,7,2,5,6,1,9,12,10,11,24,21,22,23,20,18,19,17,13,14,15,16))) 

#Order I am looking for
c("Above:12", "Above:21", "Above:35", "Above:43", "Above:15", "Above:23", "Above:32", 
"Above:41", "Above:13", "Above:24", "Above:31", "Above:46","Below:12", "Below:21", 
"Below:35", "Below:43", "Below:15", "Below:23", "Below:32", "Below:41",     "Below:13", 
"Below:24", "Below:31", "Below:46")))

#Panel titles I want 
c("M", "M", "M", "M", "FP", "FP", "FP", "FP", "P", "P", "P", "P","M", "M", "M", "M",
 "FP", "FP", "FP", "FP", "P", "P", "P", "P")

r lattice nlme
person Nazer    schedule 17.09.2013    source источник
comment
Ваш пример не воспроизводится. Я получаю сообщение об ошибке, указывающее, что "object 'SSbgf' not found"   -  person Josh O'Brien    schedule 17.09.2013
comment
Я связался с функцией. Если не сработает, я попробую переписать вопрос чем-нибудь из Пиньейро и Бейтса.   -  person Nazer    schedule 17.09.2013
comment
Я не думаю, что сработает создание SSbgf с помощью простого копирования и вставки, но, возможно, если вы сделаете это в четыре этапа, один для назначения кода функции и три для назначения атрибутов. Было бы очень предпочтительно опубликовать dput(SSbgf)-output   -  person IRTFM    schedule 17.09.2013
comment
@DWin, я не знаю, как использовать dput в SO. Я все время вижу, как люди просят его использовать, но не понимаю, что они имеют в виду. Я прочитал? Dput, я вижу, что он делает в R. Как мне его использовать, когда я печатаю свой вопрос? Что может быть лучше, чем дать вам мой r-файл?   -  person Nazer    schedule 17.09.2013
comment
Просто введите dput(SSbgf) в консоли и вставьте результаты.   -  person IRTFM    schedule 18.09.2013
comment
Спасибо, @DWin, это объясняет. Это не так волшебно, как я думал, просто я до сих пор не использовал его по-настоящему. Почти все, что я делаю, уже можно скопировать и вставить.   -  person Nazer    schedule 21.09.2013

Ответы (1)


arrow_upward
0
arrow_downward

Я думаю, что самый простой способ изменить порядок панелей - это изменить порядок фактора вне вызова графика.

dat22 = augPred(fit.nlme3.10)
dat22$.groups = factor(dat22$.groups, 
                   levels = c("Above:12", "Above:21", "Above:35", "Above:43", "Above:15", 
                         "Above:23", "Above:32", "Above:41", "Above:13", "Above:24", 
                         "Above:31", "Above:46", "Below:12", "Below:21", "Below:35", 
                         "Below:43", "Below:15", "Below:23", "Below:32", "Below:41", 
                         "Below:13", "Below:24", "Below:31", "Below:46"))
plot(dat22, layout = c(4,6), xlab="", ylab="", ylim=c(-200,2700))

Чтобы изменить заголовки в каждой полосе, вы можете установить factor.levels с помощью strip.custom.

plot(dat22, layout = c(4,6), xlab="", ylab="", ylim=c(-200,2700), 
    strip = strip.custom(factor.levels = c("M", "M", "M", "M", "FP", "FP", "FP", "FP", "P", "P", 
                                    "P", "P","M", "M", "M", "M", "FP", "FP", "FP", "FP", "P", 
                                    "P", "P", "P")))

Тем не менее, это заменяет исходные имена, и я не был полностью уверен, хотите ли вы увеличить имена или полностью изменить их.

person aosmith    schedule 17.09.2013
comment
Это именно то, что я ищу, за исключением того, что конфигурация панели перевернута. Ой, нет. Я исправлю это. - person Nazer; 17.09.2013
comment
Я думаю, что конфигурация графика по умолчанию может иметь отношение к значениям по умолчанию в пакете lattice. В частности, поиск справки по xyplot может помочь, если у вас возникнут дальнейшие проблемы с построением графика. - person aosmith; 17.09.2013
comment
Значения по умолчанию для расположения решеток слева направо и снизу вверх. - person IRTFM; 18.09.2013