matplotlib объединяет данные в полярной и декартовой сетке

Если подумать об этом некоторое время, ответ заключается в том, что вам нужно перевести радиальные данные в декартово пространство:

import copy
# fake....err, simulated... data

# elevation
X, Y = np.meshgrid(np.linspace(-50, 50, 1024), np.linspace(-50, 50, 1024))
elv = np.sin(np.pi * X / 50) * np.cos(2*np.pi * Y / 50)

# radar
R, theta = np.meshgrid(np.linspace(0, 35, 512), np.linspace(0, 2*np.pi, 512))
rad = np.sin(3*theta) ** 2 * np.cos(R / 10) ** 2

Rt_x = R * np.sin(theta)  # turn radial grid points into (x, y)
Rt_y = R * np.cos(theta)

fig, ax = plt.subplots(1, 1)
ax.set_aspect('equal')
# plot contour
ax.contour(X, Y, elv, cmap='gray')

# tweak color map so values below a threshold are transparent
my_cmap = copy.copy(cm.get_cmap('jet'))
my_cmap.set_under(alpha=0)
# plot the radar data
ax.pcolormesh(Rt_x, Rt_y, rad, zorder=5, edgecolor='face', cmap=my_cmap, vmin=.5, shading='flat')

Дополнительную информацию и пояснения см. в этом другом ответе.
В основном , можно создать два перекрывающихся объекта-оси. Вот минимальный рабочий пример (выглядит ужасно, но иллюстрирует суть):

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt

# setting up data
line = np.random.rand(5)
r = np.arange(0, 3.0, 0.01)
theta = 2 * np.pi * r

# initializing the figure
fig = plt.figure()
# setting the axis limits in [left, bottom, width, height]
rect = [0.1, 0.1, 0.8, 0.8]

# the carthesian axis:
ax_carthesian  = fig.add_axes(rect)
# the polar axis:
ax_polar = fig.add_axes(rect, polar=True, frameon=False)

# plotting the line on the carthesian axis
ax_carthesian.plot(line,'b')

# the polar plot
ax_polar.plot(theta, r, color='r', linewidth=3)
ax_polar.set_rmax(2.0)
ax_polar.grid(True)

plt.show()

Хитрость заключается в том, чтобы обе оси находились в одном месте, а для второй нужно было выбрать frameon=false. Ваша фигура будет выглядеть так: