У меня есть следующий код, который выполняет иерархическую кластеризацию и отображает их на тепловой карте.
set.seed(538)
# generate data
y <- matrix(rnorm(50), 10, 5, dimnames=list(paste("g", 1:10, sep=""),
paste("t", 1:5, sep="")))
# the actual data is much larger that the above
# perform hiearchical clustering and plot heatmap
test <- heatmap.2(y)
Что я хочу сделать, так это распечатать элемент кластера из каждой иерархии на графике. Я не уверен, что это хороший способ сделать это.
Я пробовал это:
cutree(as.hclust(test$rowDendrogram), 1:dim(y)[1])
Но возникли проблемы с интерпретацией результата. Что означает каждое значение в матрице? Например g9-9=8 . Что здесь означает 8?
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
g1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
g2 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2
g3 1 2 2 3 3 3 3 3 3 3
g4 1 2 2 2 2 2 2 2 2 4
g5 1 1 1 1 1 1 1 4 4 5
g6 1 2 3 4 4 4 4 5 5 6
g7 1 2 2 2 2 5 5 6 6 7
g8 1 2 3 4 5 6 6 7 7 8
g9 1 2 3 4 4 4 7 8 8 9
g10 1 2 3 4 5 6 6 7 9 10
Ваш экспертный совет будет принят с благодарностью.