По-видимому, не рекомендуется использовать существующий файл domain.xml, сгенерированный при создании нового домена с помощью команды asadmin create-domain new_domain, а затем использовать его при запуске встроенного экземпляра Glassfish. Источники данных не могут быть найдены и так далее.
Это подтверждается в этой теме: GLASSFISH-20270
Однако мой вопрос: есть ли способ получить «встроенную версию» файла domain.xml для Glassfish 4.0?