попробуйте поймать блоки с помощью boost.Test

Вы, кажется, неправильно понимаете объем и цель исключений - и, возможно, обработки ошибок в целом.

Прежде всего, вы должны определить, каковы предварительные условия вашей функции: всегда ли getGene() ожидает, что position будет допустимым? Ожидает ли он, что его клиенты никогда не будут предоставлять недействительные позиции?

Если это так, то клиент, предоставляющий недопустимую позицию (даже если клиент является тестовой подпрограммой), нарушает контракт с getGene() (в частности, он нарушает его предварительное условие), а нарушение контракта — это неопределенное поведение. по определению. Вы не можете протестировать неопределенное поведение, поэтому вам следует удалить свой тест.

С другой стороны, если ваша функция имеет широкий контракт, т.е. она позволяет клиентам проходить в любую позицию (даже недопустимую) и (а) генерирует исключение или (б) возвращает код ошибки чтобы сообщить об ошибке, когда позиция недействительна, тогда строки exit(1) не должно быть, потому что вы выходите из программы, и управление не передается обратно вызывающей стороне.

Одна из возможностей — повторно выдать исключение после регистрации диагностики:

T getGene(unsigned int position){
    T val;
    try {
       val =  _genome.at(_isCircular ? position % _genome.size() : position);
    }
    catch (std::exception& e) {
        std::cerr << "Error in [" << __PRETTY_FUNCTION__ << "]: " 
                  << e.what()  << std::endl;

        throw;
//      ^^^^^
    }
    return val;
}

И если вам не нужно печатать диагностику, просто позвольте исключению распространяться естественным образом:

T getGene(unsigned int position){
    return _genome.at(_isCircular ? position % _genome.size() : position);
}