Я использую Heatmap.2 из gplots, чтобы сделать тепловую карту:
library(gplots)
# some fake data
m = matrix(c(0,1,2,3), nrow=2, ncol=2)
# make heatmap
hm = heatmap.2(m)
Когда я делаю 'heatmap.2' напрямую, я получаю график, который могу вывести на устройство. Как я могу снова сделать график из моей переменной «хм»? Очевидно, что это игрушечный пример, в реальной жизни у меня есть функция, которая генерирует и возвращает тепловую карту, которую я хотел бы построить позже.
Есть несколько альтернатив, хотя ни одна из них не отличается особой элегантностью. Это зависит от того, доступны ли переменные, используемые вашей функцией, в среде построения. heatmap.2 не возвращает правильный объект "тепловой карты", хотя он содержит необходимую информацию для повторного построения графика. См. str(hm) для проверки объекта.
Если переменные доступны в вашей среде, вы можете просто переоценить исходный вызов графика:
library(gplots)
# some fake data (adjusted a bit)
set.seed(1)
m = matrix(rnorm(100), nrow=10, ncol=10)
# make heatmap
hm = heatmap.2(m, col=rainbow(4))
# Below fails if all variables are not available in the global environment
eval(hm$call)
Я предполагаю, что это не так, поскольку вы упомянули, что вызываете команду plot из функции, и я думаю, что вы не используете какие-либо глобальные переменные. Вы можете просто перестроить вызов отрисовки тепловой карты из полей, доступных в вашем hm-объекте. Проблема в том, что исходная матрица недоступна, а вместо нее у нас есть реорганизованное $carpet-поле. Чтобы получить исходную матрицу, требуется немного поработать, поскольку проекция была:
# hm2$carpet = t(m[hm2$rowInd, hm2$colInd])
По крайней мере, в случае, когда матрица данных не масштабировалась, должно работать следующее. Добавьте дополнительные параметры в соответствии с вашим конкретным вызовом построения графика.
func <- function(mat){
h <- heatmap.2(mat, col=rainbow(4))
h
}
# eval(hm2$call) does not work, 'mat' is not available
hm2 <- func(m)
# here hm2$carpet = t(m[hm2$rowInd, hm2$colInd])
# Finding the projection back can be a bit cumbersome:
revRowInd <- match(c(1:length(hm2$rowInd)), hm2$rowInd)
revColInd <- match(c(1:length(hm2$colInd)), hm2$colInd)
heatmap.2(t(hm2$carpet)[revRowInd, revColInd], Rowv=hm2$rowDendrogram, Colv=hm2$colDendrogram, col=hm2$col)
Кроме того, я думаю, что вы сможете проложить себе путь к оценке hm$call в среде функции. Возможно, with-function будет полезен.
Вы также можете сделать mat доступным, подключив его к глобальной среде, но я думаю, что это считается плохой практикой, так как слишком активное использование attach может привести к проблемам. Обратите внимание, что в моем примере каждый вызов func создает исходный график.
Я бы сделал функциональное программирование:
create_heatmap <- function(...) {
plot_heatmap <- function() heatmap.2(...)
}
data = matrix(rnorm(100), nrow = 10)
show_heatmap <- create_heatmap(x = data)
show_heatmap()
Передайте все аргументы, которые вам нужно отправить в plot_heatmap, через файл .... Вызов внешней функции устанавливает среду, в которой внутренняя функция сначала ищет свои аргументы. Внутренняя функция возвращается как объект и теперь полностью переносима. Это должно давать один и тот же сюжет каждый раз!
