Проблемы с тем, чтобы HDF5 работал с pyTables

Я бился головой о стену, пытаясь настроить pyTables на OSX 10.8. Я использую дистрибутив Python Enthought, установил pyTables и numexpr с PIP и использовал Homebrew для установки пакета HDF5.

Однако, когда я пытаюсь импортировать таблицы в python, я получаю следующую ошибку:

In [7]: import tables
---------------------------------------------------------------------------
ImportError                               Traceback (most recent call last)
<ipython-input-7-389ecae14f10> in <module>()
----> 1 import tables

/Users/MYNAME/src/tables/tables/__init__.py in <module>()
     28 
     29 # Necessary imports to get versions stored on the Pyrex extension
---> 30 from tables.utilsExtension import getPyTablesVersion, getHDF5Version
     31 
     32 

ImportError: dlopen(/Users/MYNAME/src/tables/tables/utilsExtension.so, 2): Symbol not         found: _H5E_CALLBACK_g
  Referenced from: /Users/MYNAME/src/tables/tables/utilsExtension.so
  Expected in: flat namespace
 in /Users/MYNAME/src/tables/tables/utilsExtension.so

Я пробовал играть с моей переменной пути, так как думал, что, возможно, домашние каталоги перезаписываются или что-то в этом роде, но, похоже, это не так. Любые идеи о том, что происходит?


macos python homebrew hdf5 pytables
person choldgraf    schedule 24.12.2012    source источник
comment
какую версию HDF5 вы установили?   -  person Ümit    schedule 28.12.2012

Ответы (1)


arrow_upward
0
arrow_downward

У меня такая же проблема. Я скачал tra hdf5 версии 1.8.4, установил ее из исходного кода, а затем скачал исходную версию pytables 2.4, а не 3.0.0, и установил ее с помощью команды: «sudo python setup.py install --hdf5=download_folder/ hdf5-1.8.4/hdf5", где папка_загрузки — это папка, в которую вы загрузили исходный код hdf5. Магия заключалась в том, чтобы установить pytables 2.4, а не 3.0.

person Noam Peled    schedule 12.12.2013