Получить список переходов traceroute с помощью php

Эти сообщения должны быть записаны в stderr вместо обычного stdout, поэтому я не совсем понимаю, почему вы видите их в выводе.

Вместо shell_exec() я бы рекомендовал использовать exec(), потому что он захватывает как вывод, так и код возврата процесса:

exec('traceroute example.com 2>&1', $out, $code);
if ($code) {
    die("An error occurred while trying to traceroute: " . join("\n", $out);
}
print_r($out);

Чтобы немного ускорить команду, вы можете использовать опцию -n при запуске traceroute, чтобы избежать необходимости выполнять поиск DNS для промежуточных переходов.

Обратите внимание, что запуск traceroute может занять некоторое время; если вы запустите его в командной строке, вы иногда можете увидеть строки с * * * в них, что может занять целую вечность!

Используйте exec и посмотрите на его второй параметр:

string exec ( string $command [, array &$output [, int &$return_var ]] )

Пример :

<?php

exec('traceroute test.com -m 2', $output);
var_dump($output);