Неподдерживаемая версия HDF5

Пытаюсь установить Pytables, и я установил почти все зависимости: Однако, когда я пытаюсь установить pytables:

* Found numpy 1.7.0b1 package installed.
* Found numexpr 2.0.1 package installed.
* Found Cython 0.16 package installed.
* Found HDF5 headers at ``/home/xug/pytables/hdf5/include``, library at ``/home/xug/pytables/hdf5/lib``.
.. ERROR:: Unsupported HDF5 version!

Что означает «неподдерживаемая версия HDF5»?


hdf5 pytables
person LookIntoEast    schedule 28.08.2012    source источник
comment
Проблема решена, поскольку для Pytables требуется как минимум HDF-1.8.4.   -  person LookIntoEast    schedule 28.08.2012
comment
Рад, что вы решили это! Было бы неплохо, если бы вы могли переписать этот комментарий как обычный ответ и отметить его как принятый (чтобы другие люди сразу знали, что это решенная проблема).   -  person Simon    schedule 05.10.2012

Ответы (1)


arrow_upward
2
arrow_downward

Хотя автор вопроса ответил на него в комментарии, я думаю, что здесь уместно получить (возможно, немного более подробный) ответ.

Как уже упоминалось, проблема вызвана неправильной (или отсутствующей) общесистемной версией библиотек HDF5. В моем случае я решил это, скомпилировав более новую версию и установив ее локально:

$ wget http://www.hdfgroup.org/ftp/HDF5/current/src/hdf5-1.8.11.tar.bz2
$ tar xjvf hdf5-1.8.11.tar.bz2
$ cd hdf5-1.8.11
$ configure --prefix=~/localroot
$ make -j 8
$ make install

Затем необходимо указать путь к этой локальной установке перед компиляцией пакета:

$ export HDF5_DIR=~/localroot
$ pip install tables

Наконец, ~/localroot/lib должен быть в LD_LIBRARY_PATH для работы PyTables, поэтому я добавил строку

export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:~/localroot/lib

to ~/.bashrc

person KT.    schedule 19.06.2013