Почему изменение типа контраста меняет метки строк в сводке R lm?

При контрастах по умолчанию в R (contr.treatment) сводка объекта линейной модели дает имена строк в соответствии с именами уровней. Когда я изменяю контрасты на contr.sum, сводка объекта линейной модели дает имена строк в соответствии с составленными числами.

В приведенном ниже примере кода имена строк для контрастов обработки — xa xb xc xd xe, для контрастов суммы — x1 x2 x3 x4 x5.

Есть ли способ заставить их вести себя одинаково, кроме ручного переименования строк?

ПРИМЕР:

y <- rnorm(10, 0, 1)
x <- factor(rep(letters[1:5], each = 2))

options(contrasts = c("contr.treatment", "contr.poly"))
summary(lm(y ~ x))

options(contrasts = c("contr.sum", "contr.poly"))
summary(lm(y ~ x))

r lm contrast
person Jdub    schedule 30.05.2012    source источник
comment
Но они не одинаковы, не так ли? Использование разных контрастов означает, что коэффициенты имеют разные интерпретации, так почему же вы называете их одинаковыми?   -  person joran    schedule 30.05.2012
comment
@joran, изменится ли ваша интерпретация, если строки будут помечены именами групп?   -  person Jdub    schedule 30.05.2012
comment
Ну, интерпретации разные, независимо от того, как они помечены в выводе R. Если вы просто хотите пометить их по-другому, то я думаю, что вы застряли, внося изменения постфактум. Я просто был обеспокоен тем, что вы интерпретируете контрасты суммы так же, как вы интерпретируете контрасты лечения, когда они не совсем одно и то же.   -  person joran    schedule 30.05.2012
comment
Я потратил на это немного времени и проследил до model.matrix. Это применимо только в том случае, если для контрастов установлено значение, отличное от значения по умолчанию. Я согласен с @joran, я думаю, вы застряли. (Вы также можете задать контрасты явно и назвать их столбцы, затем назначить их определенным факторам.)   -  person Ben Bolker    schedule 30.05.2012
comment
Посмотрите на contr.Treatment в пакете car, как сделать функцию контраста с разными именами для контрастов.   -  person Brian Diggs    schedule 31.05.2012
comment
Также см. stackoverflow.com/q/9616742/210673.   -  person Aaron left Stack Overflow    schedule 01.06.2012

Ответы (2)


arrow_upward
1
arrow_downward

Я все еще совсем не уверен, что это хорошая идея, я думаю, что вероятность запутаться в том, что означают контрасты, слишком высока. Тем не менее, я бы сделал новую функцию контрастов, которая вычисляет контрасты суммы, но устанавливает имена равными именам по умолчанию из контрастов лечения.

set.seed(5)
n <- 5
y <- c(10 + rnorm(n, 0, 1), 20 + rnorm(n, 0, 1), 30 + rnorm(n, 0, 1))
wFactor <- as.factor(c(rep("A", n), rep("B", n), rep("C", n)))

contr.sumX <- function(...) {
  conT <- contr.treatment(...)
  conS <- contr.sum(...)
  colnames(conS) <- colnames(conT)
  conS
}

Для справки, вот обычный вывод:

> m1 <- lm(y ~ wFactor, contrasts = list(wFactor=contr.sum(n = levels(wFactor))))
> coef(summary(m1))
              Estimate Std. Error     t value     Pr(>|t|)
(Intercept) 19.8218432  0.2481727  79.8711599 9.889455e-18
wFactor1    -9.6079241  0.3509692 -27.3754029 3.480430e-12
wFactor2    -0.1934654  0.3509692  -0.5512319 5.915907e-01

А вот вывод функции contr.sumX.

> m2 <- lm(y ~ wFactor, contrasts = list(wFactor=contr.sumX(n = levels(wFactor))))
> coef(summary(m2))
              Estimate Std. Error     t value     Pr(>|t|)
(Intercept) 19.8218432  0.2481727  79.8711599 9.889455e-18
wFactorB    -9.6079241  0.3509692 -27.3754029 3.480430e-12
wFactorC    -0.1934654  0.3509692  -0.5512319 5.915907e-01

Кроме того, вы можете заранее установить контрасты для определенного фактора:

contrasts(wFactor) <- "contr.sumX"
m3 <- lm(y ~ wFactor)
> coef(summary(m3))
              Estimate Std. Error     t value     Pr(>|t|)
(Intercept) 19.8218432  0.2481727  79.8711599 9.889455e-18
wFactorB    -9.6079241  0.3509692 -27.3754029 3.480430e-12
wFactorC    -0.1934654  0.3509692  -0.5512319 5.915907e-01
person Aaron left Stack Overflow    schedule 01.06.2012

arrow_upward
2
arrow_downward

Мне нравится ваше решение @Aaron, и я его реализовал, но я думаю, что оно содержит опасную ошибку. Контраст суммы дает вам разницу между первыми факторами n-1 и общим средним, а не последними факторами n-1, которые возвращает ваш алгоритм именования. См. R Book Кроули, 2-е издание, стр. 442-443.

Таким образом, я считаю, что правильная функция должна быть:

contr.sum.keepnames <- function(...) {
    conS <- contr.sum(...)
    colnames(conS) = rownames(conS)[-length(rownames(conS))]
    conS
}

Кстати, я пытался добавить это как комментарий, но у меня возникли трудности с добавлением блока кода в комментарий.

person Alexander Shenkin    schedule 16.02.2016