Ссылка на конкретный блок при построении xml

Вместо того, чтобы пытаться контролировать узлы по мере их создания, используйте возможности запроса CSS (или XPath) Nokogiri для поиска узлов, уже добавленных в документ, когда они вам понадобятся:

require 'nokogiri'

# Create an array of the top/middle/bottom node ids
rows = File.readlines('my.data')[1..-1].map{ |row| row.scan(/[^|\s"]+/) }

# Look underneath a parent node for another node with a specific id
# If you can't find one, create one (with the label) and return it.
def find_or_create_on(parent,id,label)
  parent.at("node[id='#{id}']") or
  parent.add_child("<node id='#{id}' label='#{label}' />")[0]
end

# Since an XML document can only ever have one root node,
# and your data can have many, let's wrap them all in a new document
root = Nokogiri.XML('<root></root>').root

# For each triplet, find or create the nodes you need, in order
# (When iterating an array of arrays, you can automagically convert
#  each item in the sub-array to a named variable.)
rows.each do |top_id, mid_id, bot_id|
  top = find_or_create_on( root, top_id, 'top node'    )
  mid = find_or_create_on( top,  mid_id, 'middle node' )
  bot = find_or_create_on( mid,  bot_id, 'bottom node' )
end

puts root
#=> <root>
#=>   <node id="a" label="top node">
#=>     <node id="1" label="middle node">
#=>       <node id="name1" label="bottom node"/>
#=>       <node id="name2" label="bottom node"/>
#=>     </node>
#=>     <node id="2" label="middle node">
#=>       <node id="name3" label="bottom node"/>
#=>       <node id="name4" label="bottom node"/>
#=>     </node>
#=>   </node>
#=>   <node id="b" label="top node">
#=>     <node id="1" label="middle node">
#=>       <node id="name6" label="bottom node"/>
#=>       <node id="name5" label="bottom node"/>
#=>     </node>
#=>     <node id="2" label="middle node">
#=>       <node id="name8" label="bottom node"/>
#=>       <node id="name7" label="bottom node"/>
#=>     </node>
#=>   </node>
#=> </root>

Обратите внимание, что вы можете пересмотреть свое использование атрибута id, так как указанные здесь значения не являются ни а) глобально уникальными во всем документе, ни б) допустимыми идентификаторами (число не может быть значением ID в XML).

Кроме того, в ваших выходных данных есть некоторые дочерние узлы, отсортированные в другом порядке, чем в исходных данных. Например, b/2/name8 появляется перед b/2/name7, поэтому мое решение создает их в таком порядке. Если вам нужно их отсортировать, сначала отсортируйте rows, например:

rows.sort.each do |top_id,mid_id,bot_id|